使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者對(duì)已有的工具進(jìn)行很好的分...
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snakemake--我最喜歡的流程管理工具 -
STREAM:一款scRNA-seq擬時(shí)分析工具scRNA-seq數(shù)據(jù)分析想必大家都比較熟悉了，自2014年nature biotechnology提出單細(xì)胞擬時(shí)分析或稱為軌跡分析（Trajectory）已經(jīng)有五個(gè)年頭了。...
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RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程(2018-05-28)
原文轉(zhuǎn)自：RNA-seq:TopHat2+Cufflinks分析流程 (2015-06-09 17:21:42) 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制：fastqc軟件 1）使用方法：/li...
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clusterProfiler包做GO分析1、加載需要的包 2、導(dǎo)入數(shù)據(jù) 我這里的數(shù)據(jù)其實(shí)就是一列基因名，是通過其它分析挑選出來的幾百個(gè)基因，想要看看這些基因是否能夠富集到某些特殊的通路3、ID轉(zhuǎn)化做GO分析是不能直...
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Bioconda 安裝轉(zhuǎn)錄組分析工具詳細(xì)指南
Bioconda 安裝詳細(xì)指南 轉(zhuǎn)自：生信技能樹-轉(zhuǎn)錄組作業(yè)（一）來自零基礎(chǔ)的小白 這位老兄確實(shí)寫的狠詳細(xì)！忍不住轉(zhuǎn)了，win用戶還是看原貼把，我把vm裝ubuntu那塊刪了...
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簡單易懂的Linux常用操作命令（一）一聽到linux操作系統(tǒng)，大多數(shù)人都望而生畏，其實(shí)沒有那么恐怖的，下面這些命令就用來裝X吧haha～ cd-----切換文件目錄 cd 切換到當(dāng)前用戶的主目錄 cd ...
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10X單細(xì)胞測(cè)序分析軟件:Cell ranger單細(xì)胞測(cè)序有著漫長的過去，卻只有短暫的歷史---誰說的！ 說她漫長是因?yàn)榈饺缃褚灿惺畮啄甑臍v史了，說她段短暫是因?yàn)獒槍?duì)單細(xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
