寫在前面 以前總看到問題是，基因結構可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動子元件的預測或者說可視化。這本身比較簡單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學院今天斷網，手上的...
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植物啟動子-順式作用元件-批量提取-預測-可視化分析 -
pheatmap熱圖技巧合集突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個選項了。是時候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個值得注意的參數，它旨在說明你想...
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BUSCO - 組裝質量評估BUSCO - 組裝質量評估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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使用fastp進行數據質控
fastp是一款較新的數據質控軟件，接觸這個軟件也是由于目前市場的軟件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接觸到一個RNAseq數據，質量較差，需要去除接頭而且含N較多，序列...
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KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個軟件(或數據庫)，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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測序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個基因對應什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數據庫基因ID之間對應關系，以及基因與G...
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「Bioconductor」不要輕易相信AnnotationHub的物種注釋包
Bioconductor開發(fā)的物種注釋包系列集合了一個物種不同來源的注釋信息，能夠根據基因ID對其進行多種來源的注釋，比如說基因的別名，基因的功能等。 我之前也寫過一篇文章用...
個人介紹
剛入門生物信息的研究僧，目前就讀于海南大學，在中國熱帶農業(yè)科學院橡膠所進行實驗，本簡書賬號發(fā)布一些生信學生過程中的筆記與廣大生信人一起交流學習。有問題或者是交流請聯(lián)系郵箱:linxianzu1995@163.com