ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當 DNA 需要復制或轉(zhuǎn)錄時，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
IP屬地：湖南
-
ATACseq 分析流程 -
??孟德爾隨機化之Exposure data
一、暴露因素的數(shù)據(jù)要求： 1.對于暴露因素的GWAS數(shù)據(jù)，TwoSampleMR需要一個工具變量數(shù)據(jù)構(gòu)成的data frame，每行對應一個SNP，至少需要4列，分別為： S...
-
多組學水平的孟德爾隨機化分析+three-step SMR 應用實操
多組學分析：在基因表達、表觀遺傳、蛋白、單細胞及微生物組學等水平上，利用組學數(shù)據(jù)比較不同組學水平的疾病和健康對照，從而鑒定潛在的致病機制。 藥物靶點孟德爾隨機化分析：探究是其...
-
使用CRISPR/Cas9進行基因敲除實驗詳細步驟解讀protocol
本文是方便查看，系統(tǒng)整理了凍春卷同學的教程。放到一起方便學習。原文分散在鏈接：http://www.itdecent.cn/p/a215be12e3f6[https://w...
-
CRISPR-Cas9基因編輯4--確定Cas9質(zhì)粒構(gòu)建成功+漂亮的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染簡介和前期文章 我對之前的所有教程進行了再次詳細的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設計（上）[http://www.itdecent.cn/p/e5c...
-
Fastq-dump: 一個神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快，請閱讀都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
-
Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)本節(jié)簡單介紹Aspera安裝和使用，并給出利用SRR號批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法，通過比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch相比有了質(zhì)的飛躍 前言：我們下...
-
單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預處理與聚類 說起軌跡推斷，很多人的第一印象就是monocle的軌跡圖，大概率是長這樣子的： 如果說單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中的分群是...
