一、簡(jiǎn)介 會(huì)得到一系列變異數(shù)據(jù),這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們?cè)诨蚪M的某個(gè)位置發(fā)生了一段序列的改變,至于這個(gè)改變會(huì)不會(huì)影響生物學(xué)功能,我們并不清楚。而注釋就是將基因組的序列變異數(shù)...
一、簡(jiǎn)介 會(huì)得到一系列變異數(shù)據(jù),這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們?cè)诨蚪M的某個(gè)位置發(fā)生了一段序列的改變,至于這個(gè)改變會(huì)不會(huì)影響生物學(xué)功能,我們并不清楚。而注釋就是將基因組的序列變異數(shù)...
最近在做WES數(shù)據(jù)分析,后期需要檢測(cè)樣本CNV的結(jié)果,于是看到cnvnator這個(gè)軟件,導(dǎo)致我未來(lái)的一周在坑中度過(guò),翻看別人寫的博文,不懂(什么啊一個(gè)都走不通)--不斷嘗試-...
tags: Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要,去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
前言 來(lái)到這里,已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到,我把我最厭惡的東西寫出來(lái), 居然是最多人看的...... 分析方法很多,這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼,大神請(qǐng)...
表型分析之最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè) 最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)(Best Linear Unbiased Prediction,簡(jiǎn)稱BLUP)可以對(duì)多環(huán)境數(shù)據(jù)進(jìn)行整合,去除環(huán)境效應(yīng),得到個(gè)體穩(wěn)定遺...
往期教程 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點(diǎn)過(guò)濾 SNP過(guò)濾有兩種情況,一種是僅根據(jù)位點(diǎn)質(zhì)...
作為一個(gè)統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)室里的學(xué)生,怎么可以不會(huì)GWAS分析,雖然學(xué)的是生物信息學(xué),但是每天聽?zhēng)熜謳熃阍谀抢镉懻撨@個(gè)模型,那個(gè)矩陣啥的,多多少少有點(diǎn)印象,雖然不會(huì)推導(dǎo)公式吧,用...
自己找了一些文章和視頻,先總結(jié)了一部分,后面再做補(bǔ)充和實(shí)操 一. 相關(guān)概念理解 (1)GWAS: 全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”,使用統(tǒng)計(jì)模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點(diǎn),用于分子標(biāo)記選擇...