一、簡(jiǎn)介 會(huì)得到一系列變異數(shù)據(jù)，這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們?cè)诨蚪M的某個(gè)位置發(fā)生了一段序列的改變，至于這個(gè)改變會(huì)不會(huì)影響生物學(xué)功能，我們并不清楚。而注釋就是將基因組的序列變異數(shù)...
IP屬地：浙江
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ANNOVAR | 變異注釋【上】
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CNVnator安裝使用說(shuō)明最近在做WES數(shù)據(jù)分析，后期需要檢測(cè)樣本CNV的結(jié)果，于是看到cnvnator這個(gè)軟件，導(dǎo)致我未來(lái)的一周在坑中度過(guò)，翻看別人寫的博文，不懂（什么啊一個(gè)都走不通）--不斷嘗試-...
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NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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GWAS分析-說(shuō)人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析前言 來(lái)到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到，我把我最厭惡的東西寫出來(lái)， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請(qǐng)...
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GWAS之表型最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè)（BLUP)與遺傳力計(jì)算表型分析之最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè) 最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)（Best Linear Unbiased Prediction，簡(jiǎn)稱BLUP）可以對(duì)多環(huán)境數(shù)據(jù)進(jìn)行整合，去除環(huán)境效應(yīng)，得到個(gè)體穩(wěn)定遺...
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「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第三課: 如何對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行過(guò)濾
往期教程 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點(diǎn)過(guò)濾 SNP過(guò)濾有兩種情況，一種是僅根據(jù)位點(diǎn)質(zhì)...
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2018-10-25 GWAS實(shí)戰(zhàn)（一） qqman繪制曼哈頓圖作為一個(gè)統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)室里的學(xué)生，怎么可以不會(huì)GWAS分析，雖然學(xué)的是生物信息學(xué)，但是每天聽?zhēng)熜謳熃阍谀抢镉懻撨@個(gè)模型，那個(gè)矩陣啥的，多多少少有點(diǎn)印象，雖然不會(huì)推導(dǎo)公式吧，用...
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GWAS 總體流程理解版
自己找了一些文章和視頻，先總結(jié)了一部分，后面再做補(bǔ)充和實(shí)操 一. 相關(guān)概念理解 （1）GWAS： 全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”，使用統(tǒng)計(jì)模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)，用于分子標(biāo)記選擇...
