發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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以術(shù)治病，何以醫(yī)心？
管的病人中一個46歲的中年女人，右前臂和頭皮處各有一處包塊，我一開始很疑惑，從他的檢查報告來看，包塊的性質(zhì)其實定期檢查就可以，但是這個病人堅持要...
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骨關(guān)節(jié)炎——衰老和骨關(guān)節(jié)炎1前言 全球壽命的增加反過來又增加了骨關(guān)節(jié)炎的患病率，而骨關(guān)節(jié)炎是目前最常見的關(guān)節(jié)炎類型。骨關(guān)節(jié)炎期間，位于關(guān)節(jié)關(guān)節(jié)上的軟骨組織會腐蝕，從而引起疼...
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完整的單細(xì)胞分析流程——特征（基因）選擇
背景 我們經(jīng)常在探索性分析中使用scRNA-seq數(shù)據(jù)來表征細(xì)胞間的異質(zhì)性。諸如聚類和降維之類的過程會根據(jù)細(xì)胞的基因表達(dá)譜對細(xì)胞進(jìn)行比較，這涉及...
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完整的單細(xì)胞分析流程——數(shù)據(jù)標(biāo)化（normalization）
動機 通常在單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)中觀察到文庫之間測序覆蓋率的系統(tǒng)差異。它們通常是由細(xì)胞間的cDNA捕獲或PCR擴(kuò)增效率方面的技術(shù)差異引起的，這歸...
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完整的單細(xì)胞分析通用流程——質(zhì)控質(zhì)控 scRNA-seq數(shù)據(jù)中的低質(zhì)量文庫可能有多種來源，例如解離過程中的細(xì)胞損傷或文庫制備失?。ɡ鐭o效的逆轉(zhuǎn)錄或PCR擴(kuò)增）。這些通常表現(xiàn)為...
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完整的單細(xì)胞分析通用流程——從數(shù)據(jù)到可視化概述 本章概述了典型的scRNA-seq分析工作流程的框架（圖1）。 隨后將更詳細(xì)地描述每個分析步驟。 實驗設(shè)計 在開始分析本身之前，對實驗設(shè)計...
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完整的單細(xì)胞分析流程——理解你的單細(xì)胞分析之?dāng)?shù)據(jù)結(jié)構(gòu)背景介紹 Bioconductor項目的主要優(yōu)勢之一在于使用通用數(shù)據(jù)基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)，該數(shù)據(jù)基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)可實現(xiàn)跨越R包的相互操作性。 用戶應(yīng)該能夠使用來自不...
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反卷積法推斷bulk RNA數(shù)據(jù)中的細(xì)胞組成
整體思路：細(xì)胞相互作用的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)支配免疫系統(tǒng)與腫瘤細(xì)胞之間的互動，了解實體瘤的特定免疫細(xì)胞組成，對于預(yù)測患者對免疫療法有何反應(yīng)顯得至關(guān)重要。在這...
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clusterProfiler花式用法
Chapter 3 Universal enrichment analysis clusterProfiler supports both hy...