作者：白介素2相關(guān)閱讀：R語言-multiROC packageR語言生存分析04-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型診斷R語言生存分析03-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型R語言生存分析-02-ggfo...
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R語言pROC包繪制ROC曲線 -
2020-12-17水稻、小麥GO富集分析RNAseq常規(guī)做法是先篩選出差異表達(dá)基因，然后針對(duì)篩選出來的差異基因做GO富集分析。 1.水稻、小麥GO信息提取 在進(jìn)行GO富集分析前首先要確定在你所使用的GO富集分析軟件...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對(duì)小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝?，很多時(shí)候...
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R語言實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)——PPI可以用網(wǎng)頁版做，但有上限2000個(gè)基因的限制。所以今天開發(fā)一下怎么用R飛一波。 1. 下載STRING數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 2. 下載Uniprot ID轉(zhuǎn)換文件 打開...
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R語言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)爬蟲（web crawler），也叫網(wǎng)絡(luò)蜘蛛（spider），是一種用來自動(dòng)瀏覽萬維網(wǎng)的網(wǎng)絡(luò)機(jī)器人。其目的一般為編纂網(wǎng)絡(luò)索引。各大搜索引擎都可以被看做爬蟲，根據(jù)爬取的內(nèi)容...
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【腳本搬運(yùn)工】convert gbff to gff/fasta
寫在前面從NCBI下載的注釋文件通常是gbff格式的，而我們平時(shí)做上游分析用到的大多數(shù)為gff或gtf文件，那么這兩種格式之間怎么進(jìn)行轉(zhuǎn)換呢。一番搜索后得到如下perl腳本。...
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測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
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pandas 找出重復(fù)行并且取均值后合并
應(yīng)用場(chǎng)景 選擇鋁一段時(shí)間的出廠價(jià)來進(jìn)行比較，由于同一天可能有多家廠家給出報(bào)價(jià)，所以需要找出同一天有多家報(bào)價(jià)的情況，并且合并為一條數(shù)據(jù)，價(jià)格取各家價(jià)格的平均值。 publish...
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R語言-04數(shù)據(jù)查看一些方便的數(shù)據(jù)查看 01 像excel一樣查看數(shù)據(jù) 02 查看字段的數(shù)據(jù)類型 03 查看字段維度 04 查看數(shù)據(jù)字段名，還可以顯示列表對(duì)象各個(gè)元素的名字 05 查看數(shù)據(jù)大致的...
