計(jì)算相關(guān)矩陣(cor()計(jì)算結(jié)果不提供p-value) 用ggcorrplot包提供的函數(shù)cor_pmat() 可視化相關(guān)性矩陣 方法為circle 重排矩陣,使用分等級聚類...
計(jì)算相關(guān)矩陣(cor()計(jì)算結(jié)果不提供p-value) 用ggcorrplot包提供的函數(shù)cor_pmat() 可視化相關(guān)性矩陣 方法為circle 重排矩陣,使用分等級聚類...
參考學(xué)習(xí)資料:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
參考生信技能樹1以及生信技能樹2只記錄從數(shù)據(jù)下載,到最終結(jié)果展示,具體生物學(xué)知識(shí)請自行查閱稍后關(guān)于ChIP-seq的背景知識(shí)我會(huì)再發(fā)布一篇文章。數(shù)據(jù)下載:數(shù)據(jù)存放地址關(guān)于環(huán)境...
前言 批次效應(yīng)是測量結(jié)果中的一部分,它們因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式,并且與我們研究的變量沒有關(guān)系。一般批次效應(yīng)可能在下述情形中出現(xiàn): 一個(gè)實(shí)驗(yàn)的不同部分在不同時(shí)間...
2022.3.20 初版2022.3.28 加入代碼眾所周知,差異基因的分析方法有很多種:①普通的差異基因計(jì)算方法(limma、edgeR、DESeq2等R包)(缺點(diǎn):針對不...
16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
目的是重復(fù)上圖。 背景知識(shí) 氟尿嘧啶:5-氟尿嘧啶在體內(nèi)轉(zhuǎn)化成氟脫氧尿嘧啶( FdUMP )是dUMP的類似物,與胸苷酸合酶發(fā)生不可逆的結(jié)合,抑制其活性。另外5-FU還可以轉(zhuǎn)...
是的,本篇不講解軟件的安裝使用,因?yàn)榫W(wǎng)上的教程已經(jīng)非常多了。 但是有關(guān)rMATS的輸出結(jié)果,網(wǎng)上的教程都很少提到,結(jié)果應(yīng)該怎么看?各文件各列代表了什么信息?很多老師或同學(xué)們拿...
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析講了如何整理好Copy Number Segment 數(shù)據(jù),這次我們使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
參考:https://www.sohu.com/a/316309297_170798解螺旋 官方 什么是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué) 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于藥物與藥物之間在結(jié)構(gòu)、功效等方面的相似性,...
想讓這張圖當(dāng)封面 1.1 關(guān)于 easyPubMed 作者是 Damiano Fantini ,2019-03-29 發(fā)表,甩鏈接。 看它的 Title: 搜索和讀取 Pub...
自噬研究方法工具匯總 轉(zhuǎn)自Autophagy公眾號(hào) 細(xì)胞自噬 細(xì)胞自噬(autophagy)是依賴溶酶體途徑對胞質(zhì)蛋白和細(xì)胞器進(jìn)行降解的一種過程。這個(gè)過程可以清除功能異常的細(xì)...
SUPPA2原理 假設(shè)我們已經(jīng)了解了可變剪切類型:傳送門[http://www.itdecent.cn/p/9c0f837fcab4],那么我們有許多檢測可變剪切的軟件,比...
外顯子定量 可視化 DEXSeq包是用來分析RNA-seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中exon的差異;這里exon的差異指的是由于實(shí)驗(yàn)條件導(dǎo)致的相對不同的exon,DEU(By differe...
知識(shí)的學(xué)習(xí)沒有一蹴而就,沒有捷近,扎實(shí)的學(xué)習(xí)是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的綜述,全面而詳細(xì)!深度好文,可用來反復(fù)閱讀。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個(gè)...
泛素 泛素(ubiquitin,UB)是一類含76個(gè)氨基酸、大小約為8.6 kDa的小蛋白質(zhì),在真核生物中普遍存在且高度保守。人類基因組中有四個(gè)基因編碼泛素的基因:UBB,U...
sORF的鑒定 華科劉世勇開發(fā)的CPPred-sORF[http://www.rnabinding.com/CPPred-sORF/],可用于鑒定植物的LncRNA和sORF...
復(fù)現(xiàn)文章:Analyses of metastasis-associated genes in IDH wild-type glioma數(shù)據(jù)來源:GSE84465圖1 數(shù)據(jù)篩...
復(fù)現(xiàn)文章:Discovery and Validation of a Metastasis-Related Prognostic and Diagnostic Biomark...