計(jì)算相關(guān)矩陣(cor()計(jì)算結(jié)果不提供p-value) 用ggcorrplot包提供的函數(shù)cor_pmat() 可視化相關(guān)性矩陣 方法為circle 重排矩陣，使用分等級聚類...
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R語言可視化學(xué)習(xí)筆記之相關(guān)矩陣可視化包ggcorrplot -
GeneOverlap: 用于基因Overlap的檢驗(yàn)及可視化R包參考學(xué)習(xí)資料：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
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ChIP-seq詳細(xì)分析流程參考生信技能樹1以及生信技能樹2只記錄從數(shù)據(jù)下載，到最終結(jié)果展示，具體生物學(xué)知識(shí)請自行查閱稍后關(guān)于ChIP-seq的背景知識(shí)我會(huì)再發(fā)布一篇文章。數(shù)據(jù)下載：數(shù)據(jù)存放地址關(guān)于環(huán)境...
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1.基于秩序關(guān)系的個(gè)體化分析方法前言 批次效應(yīng)是測量結(jié)果中的一部分，它們因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系。一般批次效應(yīng)可能在下述情形中出現(xiàn)： 一個(gè)實(shí)驗(yàn)的不同部分在不同時(shí)間...
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差異基因篩選方法：基于基因表達(dá)秩序關(guān)系識(shí)別穩(wěn)定逆轉(zhuǎn)基因?qū)Γùa版）2022.3.20 初版2022.3.28 加入代碼眾所周知，差異基因的分析方法有很多種：①普通的差異基因計(jì)算方法（limma、edgeR、DESeq2等R包）（缺點(diǎn)：針對不...
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R語言可視化（十六）：PCA圖繪制16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
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用GDSC數(shù)據(jù)庫的結(jié)腸癌細(xì)胞系數(shù)據(jù)來計(jì)算基因與IC50的相關(guān)性目的是重復(fù)上圖。 背景知識(shí) 氟尿嘧啶：5-氟尿嘧啶在體內(nèi)轉(zhuǎn)化成氟脫氧尿嘧啶（ FdUMP ）是dUMP的類似物，與胸苷酸合酶發(fā)生不可逆的結(jié)合，抑制其活性。另外5-FU還可以轉(zhuǎn)...
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可變剪接鑒定軟件rMATS的結(jié)果文件內(nèi)容說明是的，本篇不講解軟件的安裝使用，因?yàn)榫W(wǎng)上的教程已經(jīng)非常多了。 但是有關(guān)rMATS的輸出結(jié)果，網(wǎng)上的教程都很少提到，結(jié)果應(yīng)該怎么看？各文件各列代表了什么信息？很多老師或同學(xué)們拿...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）--Gistic 2.0在線分析（二）
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析講了如何整理好Copy Number Segment 數(shù)據(jù)，這次我們使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
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網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)基本概念與常用數(shù)據(jù)庫參考：https://www.sohu.com/a/316309297_170798解螺旋 官方 什么是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué) 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于藥物與藥物之間在結(jié)構(gòu)、功效等方面的相似性，...
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R包安利 ① easyPubMed—PubMed利器想讓這張圖當(dāng)封面 1.1 關(guān)于 easyPubMed 作者是 Damiano Fantini ，2019-03-29 發(fā)表，甩鏈接。 看它的 Title: 搜索和讀取 Pub...
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自噬學(xué)習(xí)六------自噬研究方法工具匯總
自噬研究方法工具匯總 轉(zhuǎn)自Autophagy公眾號(hào) 細(xì)胞自噬 細(xì)胞自噬(autophagy)是依賴溶酶體途徑對胞質(zhì)蛋白和細(xì)胞器進(jìn)行降解的一種過程。這個(gè)過程可以清除功能異常的細(xì)...
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SUPPA2檢測差異可變剪切
SUPPA2原理 假設(shè)我們已經(jīng)了解了可變剪切類型:傳送門[http://www.itdecent.cn/p/9c0f837fcab4]，那么我們有許多檢測可變剪切的軟件，比...
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復(fù)現(xiàn)-jimmy教程之 外顯子可視化外顯子定量 可視化 DEXSeq包是用來分析RNA-seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中exon的差異；這里exon的差異指的是由于實(shí)驗(yàn)條件導(dǎo)致的相對不同的exon，DEU（By differe...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)戰(zhàn)（綜述）知識(shí)的學(xué)習(xí)沒有一蹴而就，沒有捷近，扎實(shí)的學(xué)習(xí)是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的綜述，全面而詳細(xì)！深度好文，可用來反復(fù)閱讀。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個(gè)...
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2021-04-16 泛素-蛋白酶體途徑泛素 泛素(ubiquitin，UB)是一類含76個(gè)氨基酸、大小約為8.6 kDa的小蛋白質(zhì)，在真核生物中普遍存在且高度保守。人類基因組中有四個(gè)基因編碼泛素的基因：UBB，U...
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sORF的鑒定、綜述、數(shù)據(jù)庫
sORF的鑒定 華科劉世勇開發(fā)的CPPred-sORF[http://www.rnabinding.com/CPPred-sORF/]，可用于鑒定植物的LncRNA和sORF...
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GEO單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)生信分析復(fù)現(xiàn)復(fù)現(xiàn)文章：Analyses of metastasis-associated genes in IDH wild-type glioma數(shù)據(jù)來源：GSE84465圖1 數(shù)據(jù)篩...
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GEO單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)生信分析復(fù)現(xiàn)-1復(fù)現(xiàn)文章：Discovery and Validation of a Metastasis-Related Prognostic and Diagnostic Biomark...