安裝配置conda 使用清華源下載sh腳本并安裝 下載完成后直接運(yùn)行腳本文件bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。需要輸入yes然后等...
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轉(zhuǎn)錄組RNA-SEQ上游分析2020 -
「r<-包」從UCSC Xena 拉取數(shù)據(jù)做生存分析
這是最近趕的一個(gè) deadline 作品，之前答應(yīng)了 rOpenSci 投一個(gè) technote 小博文。因?yàn)椴荒苤貜?fù)包 Vignette 的內(nèi)容，所以本文我使用了生存分析這...
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scRNA-seq數(shù)據(jù)分析 || Monocle3同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.itdecent.cn/p...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析||Introduction to single-cell RNA- seq data analysis為什么要做單細(xì)胞？ 可以得到單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)譜 可以發(fā)現(xiàn)新的細(xì)胞類型或者細(xì)胞狀態(tài)（這里面往往蘊(yùn)含著未知的生物學(xué)狀態(tài)或者過(guò)程） 識(shí)別細(xì)胞發(fā)育軌跡或者病變細(xì)胞發(fā)生發(fā)展進(jìn)程。 數(shù)據(jù)分...
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R for data science ||使用dplyr進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換 data transfer,是將數(shù)據(jù)從一種表示形式變?yōu)榱硪环N表現(xiàn)形式的過(guò)程。我們喂給程序的數(shù)據(jù)在任何一個(gè)階段都要符合這個(gè)程序的數(shù)據(jù)要求，可視化也好，聚類也好，每一種...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.itdecent.cn/p...
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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載：多種方法及優(yōu)缺點(diǎn)介紹在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載文件有很多種方法： 一.利用R語(yǔ)言下載（本文重點(diǎn)介紹這個(gè)） 方法1：TCGAbiolinks包（首推這個(gè)方法！！目前沒(méi)發(fā)現(xiàn)明顯缺點(diǎn)） 方法2：RTCGAT...
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【單細(xì)胞分析】seuratV3簡(jiǎn)介及實(shí)操Seurat簡(jiǎn)介 ??Seurat[https://satijalab.org/seurat/]---幾乎是當(dāng)前單細(xì)胞RNA-seq分析領(lǐng)域的不可或缺的工具，特別是基于10X...
