轉(zhuǎn)載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細(xì)跟大家分享了WGS從原始數(shù)據(jù)到變異數(shù)據(jù)（Fastq...
IP屬地：湖北
-
GATK4.0-vqsr
-
GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的網(wǎng)站，以前經(jīng)常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服務(wù)器最近換了盤，很多代碼路徑都變了，網(wǎng)上關(guān)于GATK4的教...
-
最全bcftools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...
-
DNA甲基化數(shù)據(jù)分析全流程
2021-01-01 更新 簡(jiǎn)單記錄一下平時(shí)的分析過(guò)程 和RNA-seq前期流程類似 -- 質(zhì)控、去接頭、比對(duì)參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點(diǎn)，包括CpG、CHG、...
-
RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
-
群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源，...
-
測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
-
染色體位置如何注釋到基因名1. 環(huán)境準(zhǔn)備 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
-
【比較基因組】基因家族擴(kuò)張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測(cè)試數(shù)據(jù)準(zhǔn)備===== 需要先安裝OrthoFinder，這個(gè)參考前面一個(gè)帖子。然后今天我們主要來(lái)測(cè)試CAFE。 安裝也比較簡(jiǎn)單： 下載安裝包之后 https:...
