Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本(2024.03.03) 增加Mmseqs2用于去冗余,基因聚類(lèi)的速度非常快,且隨序列量線性增長(zhǎng)(2024.03.12...
Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本(2024.03.03) 增加Mmseqs2用于去冗余,基因聚類(lèi)的速度非常快,且隨序列量線性增長(zhǎng)(2024.03.12...
更新 查看新版:宏基因組分析流程(Metagenomic workflow)202405|持續(xù)更新 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https://www.jiansh...
導(dǎo)讀 1. 宏轉(zhuǎn)錄組概念: 宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序,直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄...
sortmerna是一款檢測(cè)文庫(kù)中rRNA含量,并去除rRNA reads的軟件。當(dāng)懷疑文庫(kù)中包含的rRNA比例較高時(shí),這款軟件可以派上用場(chǎng)。以下簡(jiǎn)單介紹它的安裝與基本使用方...
導(dǎo)讀 宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析第一步。 一、KneadData下載、安裝、質(zhì)控 鏈接:https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
很多人想學(xué)習(xí)R語(yǔ)言繪圖,最好的辦法就是多進(jìn)行操作,這里有一個(gè)非常好的網(wǎng)站,里面匯集了大量R語(yǔ)言的繪圖代碼,只需將這些代碼復(fù)制下來(lái)多去操作就會(huì)有很好的收獲。r-graph-ga...
基因流(也稱(chēng)基因遷移)是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì),從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因,是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源,...
iTOL基本用法已經(jīng)會(huì)了,之前記錄過(guò)一點(diǎn):系統(tǒng)發(fā)育(進(jìn)化)樹(shù)繪制小結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/20af7e003d19]。最近重用,調(diào)圖時(shí)又發(fā)現(xiàn)了...
更新: 最近有看到新的軟件可以檢測(cè)高通量序列的污染情況---fastq_screen(https://github.com/StevenWingett/FastQ-Scree...