Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚類(lèi)的速度非常快，且隨序列量線性增長(zhǎng)（2024.03.12...
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宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 -
Metagenomic workflow 宏基因組分析流程更新 查看新版：宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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盤(pán)點(diǎn)宏轉(zhuǎn)錄組分析方法
導(dǎo)讀 1. 宏轉(zhuǎn)錄組概念： 宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄...
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sortmerna 去除rRNAsortmerna是一款檢測(cè)文庫(kù)中rRNA含量，并去除rRNA reads的軟件。當(dāng)懷疑文庫(kù)中包含的rRNA比例較高時(shí)，這款軟件可以派上用場(chǎng)。以下簡(jiǎn)單介紹它的安裝與基本使用方...
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KneadData質(zhì)控、SortMeRNA去rRNA
導(dǎo)讀 宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析第一步。 一、KneadData下載、安裝、質(zhì)控 鏈接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
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學(xué)習(xí)R語(yǔ)言繪圖，一個(gè)網(wǎng)站就夠了
很多人想學(xué)習(xí)R語(yǔ)言繪圖，最好的辦法就是多進(jìn)行操作，這里有一個(gè)非常好的網(wǎng)站，里面匯集了大量R語(yǔ)言的繪圖代碼，只需將這些代碼復(fù)制下來(lái)多去操作就會(huì)有很好的收獲。r-graph-ga...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱(chēng)之為史上最全基因流（也稱(chēng)基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源，...
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iTOL進(jìn)化樹(shù)調(diào)圖細(xì)節(jié)記錄iTOL基本用法已經(jīng)會(huì)了，之前記錄過(guò)一點(diǎn)：系統(tǒng)發(fā)育（進(jìn)化）樹(shù)繪制小結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/20af7e003d19]。最近重用，調(diào)圖時(shí)又發(fā)現(xiàn)了...
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Conterminator--檢測(cè)核苷酸和蛋白質(zhì)序列組中的污染
更新: 最近有看到新的軟件可以檢測(cè)高通量序列的污染情況---fastq_screen(https://github.com/StevenWingett/FastQ-Scree...
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