基因表達差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對這個過程進行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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使用limma 進行轉(zhuǎn)錄組差異分析 -
使用limma、Glimma和edgeR對RNA-seq數(shù)據(jù)分析筆記1 摘要 簡單且高效地分析RNA測序數(shù)據(jù)的能力正是Bioconductor的核心優(yōu)勢之一。在獲得RNA-seq基因表達矩陣后，通常需要對數(shù)據(jù)進行預(yù)處理、探索性數(shù)據(jù)分析、差異表...
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轉(zhuǎn)錄組丨limma差異表達分析，繪制火山圖和熱圖
limma差異表達分析 本篇筆記的內(nèi)容是在R語言中利用limma包進行差異表達分析，主要針對轉(zhuǎn)錄組測序得到的基因表達數(shù)據(jù)進行下游分析，并將分析結(jié)果可視化，繪制火山圖和熱圖 [...
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差異基因|Limma安裝和使用
介紹 常用的差異基因分析軟件主要有DESeq2、edgeR以及Limma。其中，DESeq2適合有重復(fù)的樣本(官方推薦4個以上)，edgeR可以實現(xiàn)單個樣本的差異基因分析。但...
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R數(shù)據(jù)可視化21:Edge Bundling圖N久沒有更新了，最近一段時間有點繁忙。今天，一起來學(xué)習(xí)一下一個和Circo圖差不多的圖：Edge Bunding圖（不知道中文咋翻譯）。其實在我看來都只是不同形式的網(wǎng)絡(luò)圖。 ...
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circos circlize ggbio gviz 等
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lncRNA | 全基因組鑒定番茄果實lncRNA，及與調(diào)節(jié)果實成熟相關(guān)mRNA的比較分析| 2019-8-19 | Genome-wide profiling of long non-codingRNAs from tomato and a comparison...
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實驗技術(shù)（1）——載體構(gòu)建相關(guān)常規(guī)載體構(gòu)建原理及流程較為簡單，具體操作也比較容易。這里進行簡單總結(jié)，并對幾點需要注意的點進行說明。 原理依賴于限制性核酸內(nèi)切酶，DNA連接酶和其他修飾酶的作用，分別對目的基...
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基因組文章 | allopolyploid Brassica juncea《Nature Genetics》 2016一、研究背景 異源四倍體芥菜（AABB）屬于十字花科蕓薹屬，是重要經(jīng)濟作物，主要包括菜用和油用芥菜兩大類群，種植范圍較廣，經(jīng)濟價值較大。菜用芥菜主要分布在中國等東亞國家和地區(qū)...
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如何將WGCNA導(dǎo)出的基因共表達網(wǎng)絡(luò)進行可視化（cytoscape軟件的使用）WGCNA分析過程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一個module里所有基因相互之間的connectivity的weight值，根據(jù)這些值你可以將它們之間的...
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噬菌體療法治療細(xì)菌多重耐藥再添一篇好文
期刊：《Applied and Environmental Microbiology》 影響因子：4.813 近日，派森諾生物與華東理工大學(xué)合作，在微生物基因組領(lǐng)域的《App...
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提取碼謝謝
引物設(shè)計你會了嗎？？都是干貨，還不趕緊跟我一起學(xué)起來??！
2019年1月17日，星期四，晴今天又醒來很早，打開手機發(fā)現(xiàn)老婆給我發(fā)了一個鏈接寶鋼優(yōu)秀學(xué)生特等獎、36篇SCI論文……東大“學(xué)神”是怎樣煉成的？，內(nèi)容是關(guān)于她本科同學(xué)的報道...
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科研干貨丨手把手教你做PCR引物設(shè)計！在整個PCR體系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結(jié)合，不與其他非目的的DNA結(jié)合，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進行有效的延伸，可見引...
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Primer Premier 5.0引物設(shè)計PCR引物設(shè)計⑴ 確定PCR產(chǎn)物片段大?。╬roduct length）；⑵ 確定引物所在區(qū)段；⑶ 確定引物序列的長度范圍（primer length ）；⑷ 確定引物Tm值...
