建立查詢 project:腫瘤種類??捎肨CGAbiolinks:::getGDCprojects()$project_id 查詢可填的值data.category,用TCG...
1、log2轉(zhuǎn)換判斷執(zhí)行 2、差異分析結(jié)果標(biāo)記(1) 3、差異分析結(jié)果標(biāo)記(2) 4.表達(dá)矩陣PCA繪圖 5.基因注釋 6.limma包差異基因分析 7、RNAseq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
基本思想:1、有些ensembl id里包含".",按目前說法需要去掉2、用clusterprofiler包進(jìn)行ID轉(zhuǎn)換,然后向表達(dá)矩陣進(jìn)行注釋,定義成函數(shù),以后更省事。
1.讀入保存的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù) 2.獲取GPL文件并注釋 3.數(shù)據(jù)檢驗(yàn)和質(zhì)控 4.聚類圖和PCA圖 5.差異分析 6.基因篩選 7.繪制火山圖 8.繪制熱圖
1、starBase 一個(gè)高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)CLIP-Seq(或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解組測序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫,包...