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郭師傅

建立查詢 project:腫瘤種類?？捎肨CGAbiolinks:::getGDCprojects()$project_id 查詢可填的值data.category，用TCG...

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箱線圖 boxplot，一行兩列圖 相關(guān)分析圖

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1、建模 2、畫圖 3、保存

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1、log2轉(zhuǎn)換判斷執(zhí)行 2、差異分析結(jié)果標(biāo)記（1） 3、差異分析結(jié)果標(biāo)記（2） 4.表達(dá)矩陣PCA繪圖 5.基因注釋 6.limma包差異基因分析 7、RNAseq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換

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基本思想：1、有些ensembl id里包含"."，按目前說法需要去掉2、用clusterprofiler包進(jìn)行ID轉(zhuǎn)換，然后向表達(dá)矩陣進(jìn)行注釋，定義成函數(shù)，以后更省事。

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1.讀入保存的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù) 2.獲取GPL文件并注釋 3.數(shù)據(jù)檢驗(yàn)和質(zhì)控 4.聚類圖和PCA圖 5.差異分析 6.基因篩選 7.繪制火山圖 8.繪制熱圖

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1、starBase 一個(gè)高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫,包...

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設(shè)置好gse_id和工作目錄，基本全自動(dòng)

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設(shè)置好gse_id和工作目錄

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芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控 1.前后對比箱線圖 2.提琴圖 3.密度圖 4.聚類圖1 5.PCA圖1 6.處理批次效應(yīng) 7.再次查看聚類圖 8.再次作圖PCA 9.后續(xù)處理 質(zhì)控處理完畢，...