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IP屬地：四川
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文獻(xiàn)閱讀（7）：Recognizing the reagent microbiome -
文獻(xiàn)閱讀（6）：Enrichment of oral-derived bacteria in inflamed colorectal tumors and distinct associatio...標(biāo)題：Enrichment of oral-derived bacteria in inflamed colorectal tumors and distinct assoc...
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文獻(xiàn)閱讀（3）：Waste Not, Want Not: Why Rarefying Microbiome Data Is Inadmissible發(fā)表時(shí)間：2014/4/3-發(fā)表期刊：Plos Computational Biology 背景： 微生物分析數(shù)據(jù)矯正常用方法：相對(duì)豐度（百分比）或者所有樣本抽樣至相同總re...
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文獻(xiàn)閱讀（2）:De novo identification of microbial contaminants in low microbial biomass microbiomes wit...標(biāo)題：De novo identification of microbial contaminants in low microbial biomass microbiome...
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文獻(xiàn)閱讀（1）：Simple statistical identification and removal of contaminant sequences in marker-gene and...標(biāo)題：Simple statistical identification and removal of contaminant sequences in marker-gen...
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unable to find an inherited method for function ‘dotplot’ for signature ‘"data.frame"’進(jìn)行GO和KEGG富集后，想使用dotplot進(jìn)行可視化，代碼如下： 報(bào)錯(cuò) 原因在于富集后的對(duì)象為enrichResult，而在函數(shù)中，我將輸出對(duì)象轉(zhuǎn)換為了data.fram...
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Error in array(col.rgb[, i], dim(node.rgb)[3:1]) : negative length vectors are not allowed使用pathview時(shí)遇到一個(gè)error，初始代碼如下： 部分pathway可以正常生成，如ko00970 但是部分pathway無(wú)法生成，報(bào)錯(cuò)，如 仔細(xì)對(duì)比發(fā)現(xiàn)，這兩幅圖的...
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二項(xiàng)分布、泊松分布，正態(tài)分布
二項(xiàng)分布：二項(xiàng)分布是n個(gè)獨(dú)立的成功/失敗試驗(yàn)中成功的次數(shù)的離散概率分布，其中每次試驗(yàn)的成功概率為p。事件結(jié)果為成功或者失敗。泊松分布：泊松分布是單參數(shù)曲線族，它對(duì)隨機(jī)事件的發(fā)...
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總結(jié)卡方檢驗(yàn)（Chi-square test）和費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)（Fisher exact test）
細(xì)節(jié)可參考：https://www.plob.org/article/9194.html[https://www.plob.org/article/9194.html]htt...
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Kranken2: rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?)
使用conda安裝Kranken2，下載數(shù)據(jù)庫(kù) 報(bào)錯(cuò)信息 原因：ftp地址已改為http 解決辦法：修改腳本文件'rsync_from_ncbi.pl'，儲(chǔ)存于$(conda...
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擴(kuò)增子分析：qiime2平臺(tái)全流程分析Amplicon sequencing analysis pipeline through qiime2 platform qiime2是擴(kuò)增子數(shù)據(jù)分析的最佳平臺(tái)之一，其提供...
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R坑四：無(wú)法打開(kāi)文件'/var/db/timezone/zoneinfo/+VERSION': No such file or directory
R版本剛升級(jí)到"4.0.3"，安裝R包c(diǎn)rayon，報(bào)錯(cuò) 試了無(wú)數(shù)遍，其他軟件安裝時(shí)也出現(xiàn)類似情況，最后解決方法為 核心是安裝時(shí)用的source不是binary，換成bina...
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@Tracy知天命 默認(rèn)的話如果是那樣的話應(yīng)該就是了
BWA和Bowtie2默認(rèn)參數(shù)比對(duì)結(jié)果
一直認(rèn)為bwa和bowtie2比對(duì)差異比較大，比對(duì)一組數(shù)據(jù)時(shí)均使用默認(rèn)參數(shù)如下BWA Bowtie2 看下bowtie2的比對(duì)結(jié)果 比對(duì)率為15.2%~52.4%，除去未比對(duì)...
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@ucassee multiQC
BWA和Bowtie2默認(rèn)參數(shù)比對(duì)結(jié)果
一直認(rèn)為bwa和bowtie2比對(duì)差異比較大，比對(duì)一組數(shù)據(jù)時(shí)均使用默認(rèn)參數(shù)如下BWA Bowtie2 看下bowtie2的比對(duì)結(jié)果 比對(duì)率為15.2%~52.4%，除去未比對(duì)...
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48個(gè)實(shí)用的生信在線工具
在線工具一般具有“功能強(qiáng)大、操作簡(jiǎn)單、無(wú)需安裝、用完就走”的特點(diǎn)，輕松實(shí)現(xiàn)“用別人的服務(wù)器分析自己的數(shù)據(jù)”。 基因結(jié)構(gòu)繪制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
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如何從SILVA數(shù)據(jù)庫(kù)下載16S序列網(wǎng)址：https://www.arb-silva.de/search/以E.coli為例，進(jìn)行查詢 共有24913條records，全部進(jìn)行下載 選擇FASTA序列，無(wú)gap...
