目標 通過varscan等找到somatic mutations之后，想看多個樣本的突變之間的交集。bcftools是用來處理vcf文件，可以進行各種相關的處理和分析。 軟件...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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bcftools 處理vcf文件，尋找多個vcf文件中突變的交集
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染色體異常與其在有絲分裂時的位置相關在細胞核中的位置預示著染色體異常 單細胞分析表明，染色體在細胞核中的 3D 位置有助于它們參與與癌癥相關的基因組重排的可能性。 正常人類細胞的每條染色體都有兩份拷貝。相比之下...
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HPC上使用nextflow的建議
Nextflow是開發(fā)科學工作流程在HPC系統(tǒng)上使用的強大工具。它提供了一種簡單的解決方案，以一種便攜式的方式使用優(yōu)雅的反應式/函數式編程模型來部署大規(guī)模的并行化工作負載。 ...
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nextflow-簡單訓練-歡迎語
歡迎 歡迎來到 Nextflow 培訓工作坊 我們很高興能夠與您一起探索使用 Nextflow 編寫可重復和可擴展的科學工作流程的道路。本指南是 Nextflow 完整文檔的...
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infercnv需要的R包rjags的安裝
error: installing source package 'rjags' ...** package 'rjags' successfully unpacked an...
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無痛從seurat遷移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，這里使用的seurat對象要求已經run過runUMAMP()findCluster等函數，否則也沒有必要把seurat的結果弄到monocle3的cds對象里 1. ...
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張澤民團隊文獻精讀-21.Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing ...
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seurat對象中細胞identity的獲取、設置與操縱
前兩天遇到了一個小問題：初步注釋細胞發(fā)現，使用RenameIdents后細胞類型的levels與我想要的排序不符。例如，我實際得到的level為: cancer_cell1 ...
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更緊湊的堆疊小提琴圖seurat自己的vlnplot出的圖感覺有點丑丑的，網上找到了scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實現方式[http://events...
