在《TIFF 圖像格式介紹》文章簡要介紹了 TIFF 圖像結(jié)構(gòu)，本文用代碼實操一下。演示圖片下載自：https://camelyon17.grand-challenge.or...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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分享由于 numpy 2 版本不兼容導(dǎo)致的一個問題
numpy 在 2024 年 6 月發(fā)布了 2.0.0 版本，這是個主版本更新，因此跟之前 1 版本不兼容。有些依賴 numpy 的庫如果指定 numpy 版本不嚴(yán)格，比如只...
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TIFF 圖像格式介紹最近處理 TIFF (Tag Image File Format) 格式的 WSI (Whole Slide Image) 圖片，本文簡要介紹一些寫代碼需要了解的 TIFF ...
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pip, conda, CRAN 使用清華大學(xué)鏡像
pip 臨時使用時可設(shè)置 -i 參數(shù)，只對當(dāng)次生效。 將清華鏡像設(shè)置為默認(rèn)源，運行命令： 設(shè)置后內(nèi)容保存在家目錄下的 .config/pip/pip.conf 配置文件。 c...
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因為我只是想演示一下 apt-file search 命令，隨便用了個文件。
Linux 尋找包含特定文件的包
Linux 安裝軟件時常遇到缺少 xxx 依賴文件的問題，尤其是制作 Docker 鏡像時。一般來說網(wǎng)上查一下缺少的依賴文件名能找出來，可也有不那么明確的時候，或是覺得網(wǎng)上查...
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Linux GNU time 評估程序性能表現(xiàn)
在開發(fā)完程序后可能需要對程序進(jìn)行性能評估，比方說運行速度和內(nèi)存占用在不同輸入和參數(shù)情況下的表現(xiàn)。在 Linux 使用 GNU time 可以很輕松地測量到這些指標(biāo)，為什么說 ...
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Python 日志模塊 logging 使用 root Logger 時要小心
在文章《Python 日志模塊 logging 的使用》[http://www.itdecent.cn/p/8d04727aa470]里介紹了利用 logging 模塊日志...
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Python 處理環(huán)境變量
在 Python 可以使用 os 模塊的 os.environ 處理環(huán)境變量。使用 os.environ 將獲取到 Python 腳本啟動時的環(huán)境變量，它是個 mapping...
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https://github.com/Boyle-Lab/Blacklist
ATACseq 分析流程
ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
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我又回來了，好久沒用簡書，沒及時回復(fù)的私信和評論都抱歉了。??
Python 日志模塊 logging
Python 日志模塊 logging 是比較好用的，但似乎官方文檔寫得不是很好。這里分享一下我是怎么使用的?；A(chǔ)的就不介紹了，只介紹 2 個知識點：第一，日志信息如何從模塊...
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Python 日志模塊 logging
Python 日志模塊 logging 是比較好用的，但似乎官方文檔寫得不是很好。這里分享一下我是怎么使用的?；A(chǔ)的就不介紹了，只介紹 2 個知識點：第一，日志信息如何從模塊...
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路徑是對的嗎？
Bismark 進(jìn)行 WGBS 比對
在《WGBS 全基因組甲基化測序》)講解了 WGBS 測序原理，簡而言之是 BS 處理將未甲基化 C 轉(zhuǎn)化為 U(T) 而甲基化的 C 不變，從而將兩者做出區(qū)分。Bismar...
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這個應(yīng)該是最近kegg數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)絡(luò)訪問有問題，我記得它修改了API相應(yīng)的r包作者應(yīng)該要對自己r包跟著升級，如果沒升級就會取不到數(shù)據(jù)。
KEGG通路數(shù)據(jù)庫下載(人種)
方法一在MSigDB下載，網(wǎng)址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections。下載到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函數(shù)讀...
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rentrez 獲取 NCBI 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)
rentrez 是 E-utilities 的 R 包封裝，用它可以在 R 語言代碼簡便地使用 E-utilities 省去創(chuàng)建 E-utilities 鏈接的麻煩。 NCB...
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@kk_58dc 均一化吧？normalize
ATACseq 分析流程
ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
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@組學(xué)小咖喱 估計類似于 WGS 和 amplicon 擴(kuò)增子測序吧，你 WGS 肯定需要去重或標(biāo)記重復(fù)，但 amplicon 不能，因為它本身就是大量擴(kuò)增小區(qū)域進(jìn)行分析，如果去重你會把絕大部分?jǐn)?shù)據(jù)都丟棄了。RRBS 也是只分析基因組一小部分區(qū)域，也是進(jìn)行大量 PCR 擴(kuò)增。
Bismark 進(jìn)行 WGBS 比對
在《WGBS 全基因組甲基化測序》)講解了 WGBS 測序原理，簡而言之是 BS 處理將未甲基化 C 轉(zhuǎn)化為 U(T) 而甲基化的 C 不變，從而將兩者做出區(qū)分。Bismar...
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kraken2 微生物物種分類kraken 是微生物組分析進(jìn)行物種分類的工具，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了。kraken2 對比 kraken 重點優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫大小，以及分類速度。...
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自動化工具 Ansible 管理集群生物信息團(tuán)隊一般都有個集群，集群的管理無論是安裝移除軟件、修改配置或者更新等等，不能人手動一個一個節(jié)點操作，第一浪費時間第二怕不一致。Ansible 是這樣一款輔助我們管理的...
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如果是 TCGA 下載的 SEG 文件，第一列應(yīng)該已經(jīng)是 TCGA Barcode 了吧？
CNTools 取得 CNV 矩陣
CNTools 主要功能是將多個樣品 CNV 結(jié)果轉(zhuǎn)換成矩陣。 輸入數(shù)據(jù)為 R 包 DNAcopy 的 segment 函數(shù)結(jié)果。在 TCGA 數(shù)據(jù)集從 GDC 下載 CNV...