前言 上一節(jié)，我們介紹了如何繪制韋恩圖來(lái)顯示集合間的交疊關(guān)系 但是，隨著集合的增多，韋恩圖顯示的關(guān)系會(huì)越來(lái)越復(fù)雜，很難一眼看出其中的信息。 今天，我們要介紹的是，當(dāng)集合數(shù)目較...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：弗吉尼亞州
-
R 數(shù)據(jù)可視化 —— 集合可視化 UpSetR -
R語(yǔ)言：upset集合圖導(dǎo)讀 venn可以分析不同數(shù)據(jù)集的交集，另外使用R語(yǔ)言UpSet函數(shù)包upset函數(shù)繪制集合圖可以更清晰的展示不同數(shù)據(jù)集的交集情況。 下載，加載包 一、輸入數(shù)據(jù) 二、集合圖-...
-
統(tǒng)計(jì)多個(gè)基因列表交集并畫韋恩圖和Upset圖有時(shí)候，我們從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘了好幾組數(shù)據(jù)集的差異表達(dá)基因，我們需要統(tǒng)計(jì)這些基因列表的交集，一般可以用韋恩圖和Upset圖。而韋恩圖一般適合小樣本的交集，而多個(gè)樣本的話可以用...
-
-
@Jingle123 換個(gè)名字罷了
【轉(zhuǎn)錄組07】樣本表達(dá)分布、相關(guān)性分析&差異表達(dá)分析
一.樣本表達(dá)分布 箱式圖 小提琴圖 概率密度分布圖 以上三個(gè)圖結(jié)合起來(lái)可以看總體樣本表達(dá)分布圖 二.樣本的相關(guān)性 層次聚類樹(shù)————通過(guò)計(jì)算點(diǎn)與點(diǎn)之間的空間距離對(duì)樣本進(jìn)行類別...
-
How to name my files?最近看到了一個(gè)小視頻，教大家怎么命名自己的文件?？赐曛笊钣懈杏|，對(duì)于我這種沒(méi)有調(diào)理的人來(lái)說(shuō)，太有用了。希望自己以后可以不偷懶~現(xiàn)在花的時(shí)間是為了以后節(jié)省時(shí)間>_<https...
-
（2）10X單細(xì)胞聚類概述 細(xì)胞聚類：基于基因表達(dá)信息，將表達(dá)譜相近的細(xì)胞聚為一類，表達(dá)差別大的細(xì)胞彼此分開(kāi)。 Seurat使用
-
ce-RNA研究套路-如何印paper參考學(xué)習(xí)資料：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/14/2515/4917355之前看了技能樹(shù)的系列推文和曾...
-
（1）單細(xì)胞測(cè)序前沿、應(yīng)用、通識(shí)內(nèi)容來(lái)自菲沙基因講座。如有侵刪 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)原理 建庫(kù)原理——3‘端【只做單細(xì)胞時(shí)使用】 建庫(kù)原理——5‘端【與免疫組庫(kù)有關(guān)時(shí)考慮】【看TCR和BCR】 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)...
-
歡迎關(guān)注公眾號(hào) “生信交流平臺(tái)”
-
-
TCGA數(shù)據(jù)挖掘（4）：生存分析生存分析 COX回歸 生存分析畫圖代碼 生存分析前要進(jìn)行數(shù)據(jù)的整理 生存分析只需要tumor數(shù)據(jù)，不要normal，將其去掉，新表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)命名為exprSet； clini...
-
RNA-Seq差異表達(dá)分析-擴(kuò)展綜述及新工具RNA-Seq差異表達(dá)分析-擴(kuò)展綜述及新工具 理解不同生物在不同條件下表型差異的關(guān)鍵是確定不同條件下差異表達(dá)基因(DEGs)。轉(zhuǎn)錄組的高通量測(cè)序（RNA-Seq）是研究當(dāng)前問(wèn)...
-
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數(shù)據(jù)分析指南
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數(shù)據(jù)分析指南 內(nèi)容 前言 各位同學(xué)/老師，大家好，現(xiàn)在...
-
8種特殊建庫(kù)測(cè)序8種特殊建庫(kù)測(cè)序 8種特殊建庫(kù)測(cè)序 1. RNA-seq 2. 外顯子測(cè)序 3. small RNA-seq 4. 單細(xì)胞DNA測(cè)序 5. 單細(xì)胞mRNA測(cè)序 6. 甲基化測(cè)...
