歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! Gene Ontology是研究基因功能的重要數(shù)據(jù)庫之一，在進行GO的富集分析時，需要提供所有基因?qū)?yīng)的GO注釋信息，本文介紹幾種獲取該信息的方式...
IP屬地：江蘇
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詳解如何獲取物種所有基因?qū)?yīng)的GO注釋
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R數(shù)據(jù)可視化17:?；鶊D感覺100年沒有上簡書，近2個月忙于畢業(yè)論文以及公眾號推文，沒有時間更文章。終于前幾天交了論文呢，可以回來更文了。沒錯我只是在為我的懶惰尋找接口，今天我們來講一下?；鶊D（Sa...
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R: ggtree (一) base導讀 ggtree由R語言大神Y叔紙筆，于2018年發(fā)表在Molecular Biology and Evolution雜志上，現(xiàn)引用已達407（2019.10.10 goo...
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KEGG數(shù)據(jù)庫：查找某個通路上的所有基因
1.kegg數(shù)據(jù)庫下載 通常我們?nèi)绻阎硞€基因，想對這個基因做通路很簡單，直接用kegg的網(wǎng)頁注釋就可以；如果想知道某個通路里相關(guān)的所有基因列表，要找全的話只能從數(shù)據(jù)庫里調(diào)...
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從TCGA數(shù)據(jù)庫下載并整合清洗高通量腫瘤表達譜-臨床性狀數(shù)據(jù)測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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TCGA數(shù)據(jù)整合后進行DESeq2差異表達分析和基于R的多種可視化測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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小鼠基因集-GSKB--R進行GSEA富集分析1. 數(shù)據(jù)集介紹 ??由于人類基因集富集分析，有msigdb數(shù)據(jù)庫[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp]，上面有各種...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
