使用cBioPortal進(jìn)行復(fù)雜的癌癥基因組和臨床profiles整合分析（Y大寬原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載需要說明） 主要來自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) —— GSVA、ssGSEA 和單基因富集分析前言 前面，我們介紹過了差異基因的功能富集分析，今天，我們對這部分的內(nèi)容作一些補充 主要介紹一下 GEVA、ssGSEA 和單基因的富集分析 GSVA 我們知道，GSEA 富...
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ssGSEA算法原理及應(yīng)用TCGA數(shù)據(jù)zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應(yīng)用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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判斷GEO芯片數(shù)據(jù)表達(dá)矩陣是否需要log2轉(zhuǎn)換通過exprs函數(shù)獲取表達(dá)矩陣后我們可以通過以下三種方法判斷是否需要進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識別 最簡單粗暴的方法就是，根據(jù)數(shù)值大小粗略估計：如果表達(dá)量的數(shù)值在50以內(nèi)，通...
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Scale和Normalization的異同前言 在處理數(shù)據(jù)的時候，經(jīng)常會遇到兩個名詞Scale和Normalization，這兩個名詞經(jīng)常會被混雜著使用，讓我在理解一些操作的時候經(jīng)常會迷糊，那么我就結(jié)合R語言里面的s...
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ggplot2以及畫箭頭的一切出來畫圖，難免碰到個畫箭頭的需求。 簡單，如下的代碼就能安排。 畫箭頭時一些調(diào)整和參數(shù)設(shè)置，可以參考如下代碼，看看箭頭的頭和尾的圓或者鈍怎么設(shè)置。
