導(dǎo)讀 主成分分析（principal component analysis，PCA）是將多個變量通過線性變換以選出較少個數(shù)重要變量的一種多元統(tǒng)計分析方法，是常用的數(shù)據(jù)降維手段...
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R：prcomp做PCA -
Quantile Normalization轉(zhuǎn)自：http://www.bio-info-trainee.com/2043.html 提到normalization很多人都煩了，幾十種方法，而對于芯片或者其它表達數(shù)據(jù)來...
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R語言函數(shù)匯總
round(x,n):x的約數(shù)，精確到n位 table(x):返回一個由x不同值個數(shù)組成的表格（通常用于整數(shù)或因子），即頻數(shù)表 prop.table(x,margin=):根...
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R 數(shù)據(jù)可視化 02 | 火山圖
一. 示例數(shù)據(jù)準備 下載：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取碼：wbk6 文件說明示例數(shù)據(jù)，其中數(shù)據(jù)均為...
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強強聯(lián)合的基因ID轉(zhuǎn)換劉小澤寫于2020.5.28Ensemble轉(zhuǎn)Symbol其實不是這么簡單，問題百出，需要留意 0 今天遇到一個需求，先來看看 有這樣的四個文件，每個文件中都有兩列Ensem...
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R數(shù)據(jù)可視化10:蜜蜂圖 Beeswarm忙碌于實驗的一周。寫代碼的時候是只要寫代碼就要動腦子，最簡單的讀文件，也是要小小動一下腦子。而做實驗的時候是計劃實驗的時候動腦子，實驗中機械操作，然后實驗失敗的時候是費腦子。...
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TCGA癌癥類型和樣本代號解析之前分析TCGA數(shù)據(jù)都是直接匹配barcode，其規(guī)則懂的不多。相信有不少同志也有這方面困惑。 這里給出兩份資料，一份是TCGA官方英文介紹，鏈接為https://wiki....
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2019-07-13 - TCGA胃癌的miRNA成熟體在腫瘤不同級別的表達圖 (R)思路 首先要依據(jù)臨床特征建立分組，無論是復(fù)發(fā)vs原發(fā)還是TNM分型中的T/N/M。將腫瘤每個樣本的表型特征，與表達數(shù)據(jù)矩陣一一對應(yīng)到同一張表格里來，隨后再用作圖工具出圖。因為...
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2020-01-07-TCGA之RTCGATCGA數(shù)據(jù)的另一個重要的包：RTCGA參考學習資料：TCGA之miRNA預(yù)測臨床表現(xiàn)RTCGA（1） 數(shù)據(jù)概況與數(shù)據(jù)下載RTCGA（2） 數(shù)據(jù)分析與可視化https://w...
