Kraken軟件可以通過序列對樣本進行物種注釋，kraken2在該軟件基礎(chǔ)之上做了一些更新，其中包括注釋的加速、支持氨基酸序列的注釋等其他特性。 軟件安裝、基本使用以及專有數(shù)...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
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Kraken2建庫及使用
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核苷酸/氨基酸序列聚類去重Cd-hit
我們在分析測序數(shù)據(jù)或者下載數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)時，經(jīng)常需要合并數(shù)據(jù)。期間不可避免的出現(xiàn)重復(fù)序列，為了減少減少后續(xù)資源的使用，更快速地分析數(shù)據(jù)，往往需要先對數(shù)據(jù)進行聚類/去重。這種類型的...
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NCBI的Remap工具停用隨著測序技術(shù)的普及和組裝技術(shù)的完善，物種基因組版本更新很快。如果我們手頭的數(shù)據(jù)是使用老版本基因組分析的結(jié)果，可以使用現(xiàn)成的工具直接轉(zhuǎn)換（轉(zhuǎn)換會有一些失敗和錯誤的風(fēng)險）。之前給...
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[基因家族鑒定] hmmsearch結(jié)果解讀
在基因家族分析中，hmmsearch用來在很多候選序列中尋找具有某種基因家族結(jié)構(gòu)域的蛋白。在尋找時，需要提供基因家族對應(yīng)的隱馬模型。前段時間給大家介紹了pfam數(shù)據(jù)庫更新后h...
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使用長讀長測序reads進行基因組組裝-miniasm
三代測序因為長讀長的特點，在基因組組裝方面有明顯的優(yōu)勢。今天給大家介紹一款基因組組裝軟件，miniasm。該軟件可用于Pacbio和ONT兩個平臺的數(shù)據(jù)組裝，分析速度很快。 ...
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blast本地比對輸出結(jié)果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進行本地blast庫的創(chuàng)建及比對，今天跟大家聊聊比對結(jié)果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出格式，官方提供的輸出格式是19...
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blast本地比對輸出結(jié)果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進行本地blast庫的創(chuàng)建及比對，今天跟大家聊聊比對結(jié)果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出格式，官方提供的輸出格式是19...
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最完整的人參考基因組
最近看了一篇人基因組組裝的文章，和大家分享一下。 國際人類基因組測序協(xié)會在2001年發(fā)表了人類基因組草圖，今天這篇文獻2021年5月27由Telomere-to-Telome...