最近開(kāi)始使用RSS服務(wù)，為我節(jié)省了不少時(shí)間，而且可以關(guān)注自己喜歡的新聞，博客，作者，網(wǎng)站等，比較私人。心血來(lái)潮，想跟大家分享一下，先整理最近使用的這些，因?yàn)閷?duì)美食/教育/健康...
發(fā)簡(jiǎn)信
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表觀組學(xué)：call peak概念和MACS2算法原理，最簡(jiǎn)明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我們常常聽(tīng)到一個(gè)詞Call Peak。Call Peak究竟是什么東西，得到的結(jié)果又...
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ComplexHeatmap復(fù)雜熱圖繪制學(xué)習(xí)——5.圖例圖例 默認(rèn)情況下，熱圖和簡(jiǎn)單注釋會(huì)自動(dòng)生成圖例，生成的圖例放在熱圖的右側(cè)。復(fù)雜注釋沒(méi)有圖例，但可以手動(dòng)構(gòu)建和添加它們。所有圖例都是由構(gòu)造函數(shù)Legend()內(nèi)部構(gòu)造的 。在后...
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單細(xì)胞測(cè)序-scRNA-seq數(shù)據(jù)的預(yù)處理與質(zhì)控前兩期scRNA-seq分享講到了測(cè)序的原理、應(yīng)用以及測(cè)序方法，今天就進(jìn)入了數(shù)據(jù)分析階段了。scRNA-seq 與 bulk -RNA-seq 同樣是RNA的通量測(cè)序數(shù)據(jù)，在...
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SCTransform：?jiǎn)渭?xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個(gè)函數(shù)用來(lái)對(duì)數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個(gè)函數(shù)可以代替三個(gè)函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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Seurat::DotPlot繪圖美化-facet方法添加X(jué)軸注釋標(biāo)簽獲取Seurat氣泡圖的繪圖數(shù)據(jù) 創(chuàng)建x軸分類標(biāo)簽注釋 將注釋添加到data.usage方便繪圖調(diào)用 根據(jù)需求重排y軸繪圖標(biāo)簽順序 重繪氣泡圖并基于facet分面方法為x軸添...
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【R>>barplot】堆疊柱狀圖+百分比展示看文獻(xiàn)是經(jīng)常發(fā)現(xiàn)有堆疊柱狀圖+百分比展示的例子，下面就來(lái)復(fù)現(xiàn)下這樣的圖形。下圖中的C圖。 以IMvigor210免疫治療隊(duì)列數(shù)據(jù)為例： 1.輸入數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)rt是兩個(gè)因子變...
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FindVariableFeatures
??單細(xì)胞文章層出不重，但是數(shù)據(jù)格式不統(tǒng)一，卡卡在重現(xiàn)大量文章數(shù)據(jù)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，有的文章提供的是處理后的單細(xì)胞矩陣，而不是原始counts，甚至有的文章提供的數(shù)據(jù)是scaled...
