這一篇會在 從零開始學(xué)CIRCOS繪制圈圖(二)基礎(chǔ)上開始在circos繪制基因密度信息。為了保證一致性，可以新建如下幾個文件 circos.conf: karyotype....
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從零開始學(xué)CIRCOS繪制圈圖(三) -
10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析解釋皮膚損傷后的免疫激活程序好了，這一篇回歸我們的主業(yè)，分享單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的運(yùn)用，參考文章在Non-lesional and Lesional Lupus Skin Share Inflammato...
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hdWGCNA：單細(xì)胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
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關(guān)于SMART-seq2建庫過程中template switching（模板轉(zhuǎn)換）的反應(yīng)機(jī)制的理解今天重讀了一遍SMART-seq2的原理，發(fā)現(xiàn)自己之前對于template switching的反應(yīng)過程的理解似乎并不合適，因此便想把自己對于模板轉(zhuǎn)換反應(yīng)機(jī)制的理解寫下來，以...
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OrthoFinder尋找同源基因并建樹提到尋找物種之間的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是現(xiàn)在用的最多的一款來找直系同...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運(yùn)行cellranger及結(jié)果解讀
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對Cell Ranger這個軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
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利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS、UTR序列
前言：在對miRNA進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測分析時，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫。通常對miRNA預(yù)測以3'UTR區(qū)域?yàn)橹?，這就需要對轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫進(jìn)行UTR區(qū)域的提取。我在之前寫...
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跟著Gut學(xué)畫圖：R語言ggtree包畫弦圖的簡單小例子今天的推文內(nèi)容是模仿論文 Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure i...
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linux版本mrbayes和iqtree跑多基因樹基本思路就是利用phylosuite軟件下載序列，串聯(lián)尋找mrbayes和iqtree軟件的模型，然后用多線程的mrbayes和iqtree跑樹。 1.第一步利用phylos...
