前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測(cè)序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)公共庫(kù)，并在文中提供accession number，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開共享，這是國(guó)際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時(shí)只能上傳到美國(guó)...
IP屬地：北京
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國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA -
最全bcftools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...
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回歸分析 | R語(yǔ)言 -- 多元線性回歸
多元線性回歸 多元線性回歸 是 簡(jiǎn)單線性回歸[http://www.itdecent.cn/p/f8b2a320a767] 的擴(kuò)展，用于基于多個(gè)不同的預(yù)測(cè)變量（x）預(yù)測(cè)結(jié)果...
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「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析談?wù)摰街毕低椿蚍治龅臅r(shí)候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個(gè)工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達(dá)到了3000多，但這個(gè)軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
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用SeqinR包在NCBI獲取基因組序列并分析
這里是網(wǎng)頁(yè)版獲取DNA序列，下載保存后可以用read.fasta打開##########################用SeqinR包獲取序列并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)##########...
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序列比對(duì)后計(jì)算變異位點(diǎn)，有效位點(diǎn)，核苷酸多樣性variable sites informative sites nucleotide diversity 信息位點(diǎn)的定義：在兩個(gè)及以上分類單元（的序列）中存在差異，且其中至...
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讀文章重復(fù)結(jié)果：使用DnaSp軟件計(jì)算核苷酸多態(tài)性Pi(nucleotide diversity)
葉綠體基因組的文章中通常會(huì)有一小部分內(nèi)容是運(yùn)用DnaSp軟件來(lái)進(jìn)行核苷酸多態(tài)性π分析，斷斷續(xù)續(xù)看了也好長(zhǎng)時(shí)間了，今天終于重復(fù)出了結(jié)果，簡(jiǎn)單記錄自己的重復(fù)過(guò)程： 論文：comp...
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用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國(guó)內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
