本氏煙草在瞬時轉(zhuǎn)化中的運(yùn)用極為廣泛，正好最近在做瞬轉(zhuǎn)，記錄一下。 本氏煙草基因組網(wǎng)站https://btiscience.org/our-research/research-...
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本氏煙草基因組網(wǎng)站及blast同源基因 -
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Mfuzz進(jìn)行時序表達(dá)聚類分析（Mac）懶癌的我全靠Jimmy催著學(xué)習(xí)，4月份答應(yīng)交這份作業(yè)的，離中間被催又過了一個多月，今天完成啦。 數(shù)據(jù)來源： 擬南芥RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析-salmon（Mac版）上游分析為...
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用gffread從基因組中提取基因、轉(zhuǎn)錄本、蛋白、啟動子、非編碼序列
https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e[https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e]1...
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好用的小工具及數(shù)據(jù)庫資料做富集分析的網(wǎng)頁工具h(yuǎn)ttps://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表輸入就可以了, 如果基因的重要性有區(qū)別就勾選 "ordered q...
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SCAU課堂 | 「比較基因組分析」專用 Docker 鏡像寫在前面 沒想到，上個選修課，準(zhǔn)備示例數(shù)據(jù)和鏡像上，竟然花了我三四天....主要原因還是，「網(wǎng)速太差」。搞七搞八，終于搞定。盡管整完之后，我其實擔(dān)心學(xué)生拿到這個使用文檔也不知...
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blast本地比對輸出結(jié)果
之前寫過一篇如何使用blast+套件進(jìn)行本地blast庫的創(chuàng)建及比對，今天跟大家聊聊比對結(jié)果的輸出格式。 比對命令 通過outfmt參數(shù)指定輸出格式，官方提供的輸出格式是19...
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構(gòu)建功能基因隱馬可夫模型HMM遇到的問題：fungene上的氮循環(huán)基因narG.hmm數(shù)據(jù)太老 http://fungene.cme.msu.edu/ 如圖共5條序列，一致的長度1227 如何自己建一個n...
