CLUES（Conditional Likelihood Under Evolutionary Scenarios）是一個(gè)用于推斷單個(gè)位點(diǎn)在群體中選擇軌跡（selection...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：吉林
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CLUES 推斷位點(diǎn)的受選擇時(shí)間
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Relate 估計(jì)位點(diǎn)的起源時(shí)間1、轉(zhuǎn)換文件格式 從 VCF 文件轉(zhuǎn)換為 relate 軟件可以讀取的 hap 格式： PATH_TO_RELATE/bin/RelateFileFormats \ ...
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Sweepfinder2 檢測(cè)正選擇信號(hào)
SweepFinder2 使用一種基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法來檢測(cè)正選擇。CLR 是一種統(tǒng)計(jì)量，通過比較基因組中特定區(qū)域的觀察...
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XP-CLR 檢測(cè)不同種群間選擇信號(hào)XP-CLR 的基本思想是利用不同種群的等位基因頻率差異和連鎖不平衡模式來識(shí)別選擇信號(hào)。假設(shè)一個(gè)基因在種群 A 中經(jīng)歷了選擇，而種群 B 沒有，選擇位點(diǎn)周圍的 LD 模式和等...
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SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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read 讀取文件并將變量應(yīng)用在 awk 中
read 讀取文件并將一行中的不同字段存儲(chǔ)至不同變量中； 比如說： cat testzhang 10 155wang 8 148 可以用 read name age ...
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轉(zhuǎn)座子元件注釋 RepeatMasker 安裝
RepeatMasker是一個(gè)用于識(shí)別和屏蔽（mask）基因組中重復(fù)序列的軟件工具。重復(fù)序列在基因組中占據(jù)了很大的比例，并且對(duì)基因組的結(jié)構(gòu)和功能具有重要的影響。RepeatM...
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結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)軟件 SYRI 的使用目前檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異的方法眾多，長(zhǎng) reads 序列的比對(duì)有 NGMLR、Minimap2、Nucmer 等；基于序列比對(duì)結(jié)構(gòu)檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異的軟件有 SVIM、Sniffles、S...
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vcftools 計(jì)算 pi、fst、tajima's D
計(jì)算每個(gè)位點(diǎn)的多態(tài)性； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...