目的 基因功能的注釋依賴于基因結(jié)構(gòu)或者序列，將基因序列或蛋白序列和主流數(shù)據(jù)庫進行比對獲取該基因的功能信息，最終對預(yù)測的編碼基因進行功能注釋，從而了解相關(guān)生物學(xué)意義。 做法 E...
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轉(zhuǎn)錄組分析(6) - 基因注釋 -
Jupyter Notebook介紹、安裝及使用教程
一、什么是Jupyter Notebook？ 1. 簡介 Jupyter Notebook是基于網(wǎng)頁的用于交互計算的應(yīng)用程序。其可被應(yīng)用于全過程計算：開發(fā)、文檔編寫、運行代碼...
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應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
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根據(jù)基因組fa文件和gff文件提取cds并翻譯成pep
cds文件：注釋信息里的蛋白編碼序列pep文件：cds對應(yīng)序列翻譯成的氨基酸序列從NCBI上下載基因組時，有的并沒有上傳cds文件和pep文件，此時該怎么辦呢？ （1）利用腳...
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菠蘿WRKY基因家族分析文章做科研的都知道開創(chuàng)性的工作自然意義重大，但那是可遇不可求。迅速跟進大牛們開創(chuàng)性的思路或者方法，結(jié)合自身的研究基礎(chǔ)，做出類似的成果無疑是個高效的策略。 早些年的轉(zhuǎn)錄組可謂是典型...
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在Windows系統(tǒng)中搭建本地Blast序列比對環(huán)境在實驗室中，我們經(jīng)常需要對分子生物學(xué)數(shù)據(jù)進行分析，常見的有DNA和蛋白質(zhì)分子序列比對。分子序列比對分為全局序列比對和局部序列比對兩種情況。其具體算法我們將在以后的文章中詳細(xì)介...
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【轉(zhuǎn)錄組-1】RNAseq基本知識
歡迎關(guān)注：oddxix 有問題，歡迎后臺溝通 概念 廣義：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）是特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄本的總和。同一細(xì)胞在不同的生長時期及生長環(huán)境下，其...
