最近在做CNV項(xiàng)目，整理一下用CNVkit call CNV的 pipeline 1.軟件下載和安裝 首先cnvkit是根據(jù)python寫的，所以首先需要安裝python。c...
IP屬地：上海
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CNVkit call CNV
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@一束小花_c9f1 是的
關(guān)于stringtie定量基因的時(shí)候，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達(dá)基因分析的時(shí)候的時(shí)候，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid。 我一開始搜索這個(gè)問題，...
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@Jinshengxu 可以的得到的，每一個(gè)樣本的FPKM和TPM在每個(gè)樣本的gtf文件中，但是每一個(gè)樣本的FPKM沒有合并，stringtie官網(wǎng)提供的腳本只是計(jì)算counts
關(guān)于stringtie定量基因的時(shí)候，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達(dá)基因分析的時(shí)候的時(shí)候，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid。 我一開始搜索這個(gè)問題，...
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@jamesjin63 不可解釋的一部分，是不同變量之間的互作之類的嗎
R-多分類logistic回歸（機(jī)器學(xué)習(xí)）
多分類logistic回歸 在之前文章介紹了，如何在R里面處理多分類的回歸模型，得到的是各個(gè)因素的系數(shù)及相對OR，但是解釋性，比二元logistic回歸方程要冗雜的多。 那么...
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您好，請問在Break Down profile中的intercept(截距)代表什么意義呢，我僅知道它代表這個(gè)模型中間這一類的樣本所占的比例，那么他對樣本的預(yù)測所起的作用是什么呢
R-多分類logistic回歸（機(jī)器學(xué)習(xí)）
多分類logistic回歸 在之前文章介紹了，如何在R里面處理多分類的回歸模型，得到的是各個(gè)因素的系數(shù)及相對OR，但是解釋性，比二元logistic回歸方程要冗雜的多。 那么...
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應(yīng)該還是不行，你可以試試
關(guān)于stringtie定量基因的時(shí)候，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達(dá)基因分析的時(shí)候的時(shí)候，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid。 我一開始搜索這個(gè)問題，...
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請問一下邊際效應(yīng)這一節(jié)的plot_df這個(gè)函數(shù)是哪個(gè)包里面的
R-多分類logistic回歸（機(jī)器學(xué)習(xí)）
多分類logistic回歸 在之前文章介紹了，如何在R里面處理多分類的回歸模型，得到的是各個(gè)因素的系數(shù)及相對OR，但是解釋性，比二元logistic回歸方程要冗雜的多。 那么...
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臨床數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)可視化、機(jī)器學(xué)習(xí)、Python/R<br><br>Github：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fjamesjin63" target="_blank">https://github.com/jamesjin63</a><br>歡迎關(guān)注我們的公眾號：EpiHub
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R-多分類logistic回歸（機(jī)器學(xué)習(xí)）多分類logistic回歸 在之前文章介紹了，如何在R里面處理多分類的回歸模型，得到的是各個(gè)因素的系數(shù)及相對OR，但是解釋性，比二元logistic回歸方程要冗雜的多。 那么...
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VST應(yīng)該不是用來標(biāo)準(zhǔn)化的吧，vst是對標(biāo)準(zhǔn)化后的值進(jìn)行正態(tài)轉(zhuǎn)換
DEseq2-差異分析
數(shù)據(jù)讀入 使用airway中的數(shù)據(jù)，SummarizedExperiment格式。 如果沒有SummarizedExperiment格式也可以使用DESeqDataSetFr...
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很好奇為什么要篩選絕對中位偏差這一步呢，如果是沒有重復(fù)的樣本，個(gè)體間存在偏差感覺是正常的
WGCNA分析，簡單全面的最新教程
本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
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@RenJ_9394 好的，請問Q30大于90%可以算高質(zhì)量數(shù)據(jù)嗎
使用GATK從RNA-seq數(shù)據(jù)中call variants
GATK官方給出了從RNA-seq數(shù)據(jù)中尋找變異位點(diǎn)的流程，但這個(gè)示意圖比較簡潔，實(shí)際操作時(shí)一不小心就會報(bào)錯，故經(jīng)過探索，記錄下這個(gè)流程的細(xì)節(jié)以及半自動化的腳本。 1. 軟件...
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請問一下在這個(gè)流程中不進(jìn)行BQSR和VQSR沒關(guān)系嗎
使用GATK從RNA-seq數(shù)據(jù)中call variants
GATK官方給出了從RNA-seq數(shù)據(jù)中尋找變異位點(diǎn)的流程，但這個(gè)示意圖比較簡潔，實(shí)際操作時(shí)一不小心就會報(bào)錯，故經(jīng)過探索，記錄下這個(gè)流程的細(xì)節(jié)以及半自動化的腳本。 1. 軟件...
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引物設(shè)計(jì)軟件
科研干貨丨手把手教你做PCR引物設(shè)計(jì)！
在整個(gè)PCR體系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結(jié)合，不與其他非目的的DNA結(jié)合，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進(jìn)行有效的延伸，可見引...
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科研干貨丨手把手教你做PCR引物設(shè)計(jì)！在整個(gè)PCR體系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結(jié)合，不與其他非目的的DNA結(jié)合，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進(jìn)行有效的延伸，可見引...
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SeqLogo的私人定制？你可以的。寫在前面 前述，TBtools增加了一個(gè)功能，使各個(gè)操作系統(tǒng)下，用戶均可以正常使用MEME/MAST，進(jìn)行一定的motif分析（即使你是windows用戶，也不需要虛擬機(jī)或命...
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@陳王元 互幫互助
關(guān)于stringtie定量基因的時(shí)候，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達(dá)基因分析的時(shí)候的時(shí)候，最后會輸出很多帶MSTRG字樣的geneid。 我一開始搜索這個(gè)問題，...
