參考鏈接 如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.itdecent.cn/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè),同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果,相當(dāng)于收集...
參考鏈接 如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.itdecent.cn/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè),同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果,相當(dāng)于收集...
對(duì)于RNA-seq數(shù)據(jù),有兩種使用策略,一種是使用HISAT2 + StringTie先比對(duì)再組裝, 一種是從頭組裝,然后使用PASA將轉(zhuǎn)錄本比對(duì)到基因組上。在本篇教程中,只...
同源預(yù)測(cè)(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對(duì),找到同源序列。然后在同源序列的基礎(chǔ)上,根據(jù)基因信號(hào)如剪切信號(hào)、基因起始和終止密碼子對(duì)基因結(jié)...
前言 最近的推文將是一個(gè)大系列,目錄就不放了,可能會(huì)有點(diǎn)多,主要涉及了基因注釋,比較基因組學(xué)分析,基因家族分析等,大家看我博客的順序就行。 基因注釋參考鏈接[https://...
ONT全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指基于牛津納米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,ONT)三代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。利用三代測(cè)序平臺(tái)長(zhǎng)度長(zhǎng) (lo...
作者: 童 蒙編輯:amethyst 可變剪接作為轉(zhuǎn)錄后修飾的重要環(huán)節(jié),對(duì)細(xì)胞的活性和疾病的發(fā)生發(fā)展都有廣泛的作用。盡管目前軟件很多,但是軟件間的比較卻比較少。作者系統(tǒng)地...
作者:Arno審稿:童蒙編輯:angelica 前面我們介紹了PacBio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相關(guān)的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本鑒定、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本比對(duì)、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析上篇。 今天我們繼續(xù)介紹包...
我也認(rèn)為長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序是 RNA 測(cè)序的未來(lái)!隨著價(jià)格的降低和堿基質(zhì)量的提升,傳統(tǒng)的二代RNA-seq會(huì)被逐漸取代。 很多物種的轉(zhuǎn)錄本非常多樣和復(fù)雜,絕大多數(shù)真核生物基因不符合“...
前言:進(jìn)行RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎(chǔ),推薦跟著B站生信技能樹-jimmy老師學(xué)習(xí)打牢基礎(chǔ):【生信技能樹】生信人應(yīng)該這樣學(xué)linux(更新至第14...