理論知識 GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），該方法發(fā)表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
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GSEA 富集分析 -
深入解析Seurat整合單細胞數(shù)據(jù)函數(shù)FindIntegrationAnchors 2（CCA和L2正則化算法）hi 各位，今天我們來深入了解一下Seurat做多樣本整合的深入算法，CCA算法以及FindIntegrationAnchors函數(shù)中的的參數(shù)l2.norm 先來知道一下C...
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R語言繪圖配色-RcolorBrewer包學(xué)習(xí)及進階畫圖的過程中發(fā)現(xiàn)顏色太丑了，簡單學(xué)一下配色。 RcolorBrewer包 看到有三種配色方法sequential： 生成漸變的顏色，標記連續(xù)型數(shù)據(jù)大小，可選擇顏色種類范圍是3...
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單細胞imputation數(shù)據(jù)補全之KNN-smoothing
單細胞測序面臨的一個不可忽視的技術(shù)問題，就是dropout事件（表達大量的0值，表達矩陣比較稀疏），如何克服這些噪聲，研究者開發(fā)了一些方法，用以填補這些0值，克服技術(shù)噪聲。2...
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傾向性評分匹配完整實例（R實現(xiàn)）傾向性評分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在隨機對照試驗(Randomized controlled trials,RCT)中用于衡...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）22種基因差異分析方法匯總hello，大家好，抓住這一周最后的小尾巴，給大家匯總一下我們單細胞數(shù)據(jù)尋找差異基因的22種方法，之前我分享的一篇文章10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總[ht...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標準化方法目錄 1. 標準化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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洛克菲勒大學(xué)2021年生信課1：Introduction to R, session 1R語言零基礎(chǔ)同學(xué)看過來了，Rockefeller University最新的生信公開課。因為這個系列的課有PPT，所以我直接把PPT貼上來了，就不自己逐字逐句的打了（我好懶）...
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Graph Embedding之DeepWalk??DeepWalk是一種用來學(xué)習(xí)圖（網(wǎng)絡(luò)）中頂點的潛在表示的一種基于簡單神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的算法。DeepWalk 算法第一次將深度學(xué)習(xí)中的技術(shù)引入到圖（網(wǎng)絡(luò)）表示學(xué)習(xí)領(lǐng)域，且充分利...
