測序上游分析系列： mRNA-seq轉錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
IP屬地：寧夏
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TCGA轉錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉換） -
NATURE:組蛋白標記H3K36me2招募DNMT3A并調節(jié)基因間DNA甲基化分布這篇文獻是于2019年9月發(fā)表在Nature上的一篇研究型文章。題目是：The histone mark H3K36me2 recruits DNMT3A and shape...
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TCGA文章復現(xiàn)——LncRNA-CRC預后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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這些數(shù)據(jù)要留意呀，發(fā)SCI的神器
有些臨床醫(yī)生總是到處找數(shù)據(jù)庫進行數(shù)據(jù)挖掘，卻忽略自己身邊的病例數(shù)據(jù)，如果能收集到這些數(shù)據(jù)，發(fā)SCI就簡單了，剩下的事情就是復制、粘貼代碼的事情。下面介紹的文章就是這樣干的，收...
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【r<-差異分析】當使用limma時，它在比較什么
差異分析流程示例與資料 基因芯片的差異表達分析主要有 構建基因表達矩陣、構建實驗設計矩陣、構建對比模型（對比矩陣）、線性模型擬合、貝葉斯檢驗和生成結果報表 六個關鍵步驟。 下...
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GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（ID轉換）上一篇筆記記錄了如何下載芯片數(shù)據(jù)（GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀?。?，這篇筆記繼續(xù)跟著視頻學習，視頻地址：here （一）如何從對象里提取表達矩陣 如果你要...
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值得借鑒：零代碼分析加免疫組化上3分！大家好，今天和大家分享的是一月份發(fā)表在Genomics(IF：3.16)雜志上的一篇文章，“Systemic analysis of the expression and p...
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DAVID在線功能富集介紹我們通過GEO或者其他數(shù)據(jù)庫篩選出了一批顯著差異基因，接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能，我們下一步需要進行GO功能注釋和KEGG（pathway）通路富集分析。那么，啥...
