In single-cell RNA-seq analysis, removing batch effects is a critical step. Two of the ...
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
-
Under the Hood: FastMNN vs. Harmony – A Deep Dive into Single-Cell Integration
-
T cell analysisCD8 1. annotation. 1.1 Classical markers T cells' annotation can be highly rely on the ...
-
windows中密鑰的權限
簡單描述問題：在使用vscode通過ssh-remote鏈接遠程服務器的時候，盡管在ssh配置文件config中設置了正確的密鑰目錄，仍然無法連接并提示： Permissio...
-
cell2fate流程探索1. 簡介 cell2fate是一個用于velocity分析的軟件，相比傳統(tǒng)的scvelo建模方法，能建立更符合生物學過程的時序，詳情可閱讀原文：Cell2fate infe...
-
tmux+jupyter-notebook后臺保存python運行空間1. jupyter-notebook安裝 Project Jupyter | Installing Jupyter[https://jupyter.org/install]...
-
解決error：CUDA error: no kernel image is available for execution on the device
1. 問題概述 在python中利用pytorch+cuda調(diào)用GPU進行訓練的時候，報錯： 2. 社區(qū)資料 該報錯比較常見，已有多個社區(qū)博客提供了解決方案： 2.1 by ...
-
The calculation of modulescore in Seurat
The Module Score calculation is designed to refine the mean expression of a gene signat...
-
several facts of SCENIC
1. GENIE3對于輸入的expression matrix，既可以是UMI counts，也可以是library-size normalized counts，兩者的結果...
-
The process of SCENICLast week we learned Transcription factor motif finding, also, recently I was using SCE...
-
fastMNN and harmonyIn analyzing scRNA-seq data, batch effects are an influential source of variability. Th...
-
TRUST4免疫組庫分析
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 1.背景介紹 人體淋巴細胞主要包括T細胞、B細胞。B細胞約占外周淋巴細胞總數(shù)的20%，其主要功能是產(chǎn)生抗體介導體液免疫應...
-
FindAllMarkers, FindMarkers 以及 FindConservedMarkers 的區(qū)別
在seurat中，如果運行了RunUMAP或者RunTSNE后自動分群后，F(xiàn)indAllMarkers和FindMarkers基本就是一樣的；如果沒有進行RunUMAP或者R...
-
2023-04-20 細胞器的marker需要對細胞器進行分離，查了一些資料，比較好看，貼上來。 1. Thermo 海報：細胞器標記物抗體和細胞染色劑[https://assets.thermofisher.cn/...
-
如何獲取kegg通路的基因列表
如何獲取kegg通路的基因列表？相信很多人都有這個疑惑。 哪些時候需要知道通路的基因列表？舉兩個例子： 在找差異基因這一步，只想針對特定通路的基因去找?？梢栽谡彝瓴町惢蚝螅?..
-
錯誤解決：Error: Failed to install 'SeuratWrappers' from local: Failed to connect to api.github.com ...
通過remotes::install_github函數(shù)安裝github上的包時報錯： 我嘗試很久沒法解決，選擇手動下載zip包后上傳至服務器，然后local安裝，仍然報錯： ...
-
RNA velocity of single cells文獻學習在之前的一個視頻學習系列筆記里，有一篇筆記提到了RNA velocity（Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學習筆記（八））...
-
趕緊搶發(fā)雙硫死亡生信SCI，一秒都不能遲
如果你2022年錯過了銅死亡生信，不要灰心，2023年一樣會給你帶來新熱點，這個熱點就是雙硫死亡（Disulfidptosis），Disulfidptosis是2023年新發(fā)...
-
單細胞空間數(shù)據(jù)分析之CNV進化樹作者，Evil Genius 時光荏苒，2022年也即將結束，這一年，單細胞空間多組學技術進一步帶領我們走入生物組織的微觀世界。單細胞多組學的技術發(fā)展讓研究人員可以從單個細胞...