CellChat 三部曲2:使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
CellChat 三部曲2:使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
簡(jiǎn)介 ??目前,單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以幫助我們獲得組織中每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平,但卻無法獲得對(duì)應(yīng)空間位置上的信息??臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)(spatial trans...
第八節(jié):擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中,我們將學(xué)習(xí)如何通過擬時(shí)序分析推斷細(xì)胞分化軌跡。slingshot包可以對(duì)單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞分化譜系構(gòu)建和偽時(shí)間推斷,它...
TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
Human cell atlas, HCA:https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
起因:最近有個(gè)問題樣本,跑完cellranger,樣本的cellranger結(jié)果如下,細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中,線粒體基因占比和雙細(xì)胞率均很高,用scDb...
常用的細(xì)胞通訊軟件:CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]:是公開的人工校正的,儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
和CellphoneDB不同之處在于重點(diǎn)在受體下游基因\pathway激活情況來看配體的活性 NicheNet can predict which ligands from ...
scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3],...