科服：生信、AI、育種。全網(wǎng)同號(hào)
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：遼寧
-
-
一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
-
Molecular Subtypes of Urothelial Bladder Cancer: Results from a Meta-cohort Analysis of 2411 Tumors,
European Urology,
Volume 75, Issue 3,
2019,
Pages 423-432,
ISSN 0302-2838,
https://doi.org/10.1016/j.eururo.2018.08.027.多芯片分析
因?yàn)槟壳昂喜⒍鄠€(gè)測(cè)序、芯片數(shù)據(jù)集這一塊并沒有完全統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)，方法大概有五六種。公說(shuō)公有理婆說(shuō)婆有理，對(duì)于我這樣的新手來(lái)說(shuō)，最簡(jiǎn)單的是跟隨頂級(jí)文章的文章思路或者分析流程和步驟。...
-
這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
-
-
喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
-
-
-
西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問(wèn)題，有問(wèn)題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
