DNA通過(guò)轉(zhuǎn)錄，控制著mRNA的合成，而mRNA是蛋白質(zhì)合成的模板，它決定了蛋白質(zhì)的序列結(jié)構(gòu)、功能等信息。把mRNA看作一種語(yǔ)言，它由4種不同堿基的核苷酸組成（A、U、C、G...
IP屬地：北京
-
密碼子使用偏性的分析方法介紹 -
N種箱線圖的畫(huà)法圖中標(biāo)示了箱線圖中每條線和點(diǎn)表示的含義，其中應(yīng)用到了分位數(shù)的概念線的主要包含五個(gè)數(shù)據(jù)節(jié)點(diǎn)，將一組數(shù)據(jù)從大到小排列，分別計(jì)算出他的上邊緣（Maximum），上四分位數(shù)(Q3)，...
-
Anaconda：解決你裝包的煩惱
生物信息學(xué)的日常就是利用五花八門(mén)的工具和各種各樣的數(shù)據(jù)打交道，很多時(shí)候需要在命令行安裝軟件或者包。我相信每一個(gè)生信人都碰到過(guò)安裝軟件或包時(shí)無(wú)法解決依賴(lài)的囧況，安裝軟件或者包，...
-
5個(gè)超棒的在線配色神器
配色，簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是將顏色擺在適當(dāng)?shù)奈恢?，做一個(gè)最好的安排，達(dá)到一種和諧的融為一起的一個(gè)大效果。 在我們做圖表或者做PPT的過(guò)程中，好的配色可以讓人心情愉悅，也可以幫助我們更好...
-
R入門(mén)？從Tidyverse學(xué)起！
很多人推薦《R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)》這本書(shū)來(lái)入門(mén)R，當(dāng)然，這本書(shū)非常不錯(cuò)，我也是通過(guò)這本書(shū)開(kāi)始接觸的R。這種入門(mén)的學(xué)習(xí)路徑屬于base R first，學(xué)習(xí)的流程基本是先了解變量的類(lèi)型、...
-
一勞永逸，R的個(gè)性化默認(rèn)配置
以linux系統(tǒng)為例 首先，在$HOME目錄下，新建一個(gè)文件.Rprofile，并進(jìn)入vi編輯器： 按下鍵盤(pán)Insert鍵進(jìn)入vi的編輯模式，然后我們就可以輸入代碼配置默認(rèn)環(huán)...
-
一步到位-生信分析流程構(gòu)建框架介紹我們都知道生物信息學(xué)（Bioinfomatics）包含兩個(gè)部分：bio和informatics，即利用生物數(shù)據(jù)通過(guò)計(jì)算機(jī)學(xué)或統(tǒng)計(jì)學(xué)或數(shù)學(xué)的方法發(fā)現(xiàn)這些數(shù)據(jù)背后所具有的生物學(xué)意...
-
零基礎(chǔ)R語(yǔ)言繪制熱圖
第一步安裝： 這里稍微給大家介紹一下RColorBrewer包： RColorBrewer is an R package that allows users to crea...
-
加速你的python腳本
因?yàn)榻谝獙?xiě)嵌套for循環(huán)，由于運(yùn)算量有點(diǎn)大，耗時(shí)比較久。所以就在谷歌上搜了搜有沒(méi)有辦法可以提升python for loop的速度，然后就發(fā)現(xiàn)了非常好用的模塊：Numba ...
-
一文搞定參考基因組序列下載
生物信息學(xué)的分析很大一部分都是圍繞序列展開(kāi)，可以說(shuō)序列分析催生了生物信息學(xué)。比如通過(guò)與參考基因組序列進(jìn)行比對(duì)，檢測(cè)各種變異；RNA-seq數(shù)據(jù)與參考基因組比對(duì)，進(jìn)行定量。 給...
-
下載NCBI SRA數(shù)據(jù)的最佳方法
高通量的原始數(shù)據(jù)通常情況下會(huì)上傳到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）數(shù)據(jù)庫(kù)。當(dāng)我們需要用到這些數(shù)據(jù)的時(shí)候，就需要合適的方法來(lái)下載。常見(jiàn)的下載方法：...
-
如何尋找同源基因---OrthoFinder
構(gòu)建物種的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，計(jì)算kaks值或者比較基因組學(xué)和進(jìn)化的其他分析都少不了需要尋找同源基因。之前已經(jīng)介紹過(guò)Orthomcl的自動(dòng)化使用，Orthomcl也是目前引用最好的尋...
-
蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位分析
亞細(xì)胞定位是指某種蛋白或某個(gè)基因表達(dá)產(chǎn)物在細(xì)胞內(nèi)的具體存在部位，包括細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞膜等部位。傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方法有，利用一些熒光蛋白如GFP、YFP，通過(guò)其在激光照射下發(fā)出的...
-
-
一天一點(diǎn)命令行之scp
相信連過(guò)遠(yuǎn)程服務(wù)器的小伙伴對(duì)ssh命令一定不陌生，經(jīng)常會(huì)用ssh命令從一個(gè)服務(wù)器登錄到另一個(gè)服務(wù)器（ $ ssh username@xx.xx.xx.xx ）。當(dāng)我們需要兩個(gè)...
-
是的，按Ctrl + B可以往前翻，已更新，謝謝提醒~
一天一點(diǎn)命令行之 less
Linux命令行界面通常會(huì)使用cat、less和more三個(gè)命令來(lái)查看文件內(nèi)容。 其中，cat命令是直接輸出文件的全部?jī)?nèi)容，如果文件內(nèi)容很多行，那么就會(huì)占滿(mǎn)屏幕，很不方便查看...
-
一天一點(diǎn)命令行之 less
Linux命令行界面通常會(huì)使用cat、less和more三個(gè)命令來(lái)查看文件內(nèi)容。 其中，cat命令是直接輸出文件的全部?jī)?nèi)容，如果文件內(nèi)容很多行，那么就會(huì)占滿(mǎn)屏幕，很不方便查看...
