在分析TCGA數(shù)據(jù)庫里的RNA-seq數(shù)據(jù)之前，先了解一下TCGA樣本的id名稱里的小秘密：參考文章：TCGA的樣本id里藏著分組信息 根據(jù)文章里的內(nèi)容，我查看了前一篇文章里...
發(fā)簡(jiǎn)信
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TCGA的差異基因分析 -
GEO數(shù)據(jù)庫視頻學(xué)習(xí)筆記（ID轉(zhuǎn)換）上一篇筆記記錄了如何下載芯片數(shù)據(jù)（GEO數(shù)據(jù)庫視頻學(xué)習(xí)筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀取）），這篇筆記繼續(xù)跟著視頻學(xué)習(xí)，視頻地址：here （一）如何從對(duì)象里提取表達(dá)矩陣 如果你要...
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RNA-seq(6): reads計(jì)數(shù)，合并矩陣并進(jìn)行注釋任務(wù) 1.實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。2.需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載，注釋文件下載，索引下載，比對(duì)，比對(duì)質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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簡(jiǎn)書筆記匯總
以下是我簡(jiǎn)書里所有的文章鏈接，按不同的專題分類，方便大家根據(jù)不同專題以及文章題目快速的查看所需內(nèi)容。 持續(xù)更新中~ Linux學(xué)習(xí)筆記 《Linux命令行與shell腳本編程...
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RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析詳細(xì)過程
RNA-seq分析簡(jiǎn)潔版[http://www.itdecent.cn/p/72c871663e62],用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)[https://www.ncbi.nlm.ni...
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基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)分析腳本
生成的文件說明： 1.~/Process/fastqc_result 用于存放質(zhì)量評(píng)估的結(jié)果2.~/Process/trim_out 用于存放過濾的結(jié)果3.~/Process...
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基因組數(shù)據(jù)的重測(cè)序分析我通過查資料獲得已知達(dá)松維爾擬諾卡氏菌亞種（cardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei）的基因組原始測(cè)序序列，我想知道這個(gè)亞種與達(dá)...
