這是ggplot2可視化專題的第二個(gè)實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
IP屬地：廣東
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單/多個(gè)基因在組間同時(shí)展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點(diǎn)圖拼圖繪制 -
那你expressed_matrix<-as.data.frame(expressed_matrix)再試試？
Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的長度不對(duì)
作為生信菜鳥，某天運(yùn)行代碼，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤： 運(yùn)行如圖代碼出現(xiàn)錯(cuò)誤。明明跟著老師來，為啥會(huì)出錯(cuò)呢？百度： 有個(gè)解答如下：R語言&Python GEO DataSets多個(gè)Ser...
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你好大大，想請問一下methyAnalysis是怎么安上的，我用代碼安，下tar.gz文件手工安，linux直接解壓然后拉到r包文件夾里，所有辦法都試過了，都不行。沒見過這么難安的包
RRBS差異甲基化分析流程（更新版）
本文接bismark上游分析：http://www.itdecent.cn/p/9f6939d1588a下文主要是：1、找到差異甲基化區(qū)域；2、注釋差異甲基化區(qū)域 對(duì)DMR...
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你好，請問一下數(shù)據(jù)長什么樣子呢？
LEfSe尋找組間差異細(xì)菌
導(dǎo)讀 前面介紹過網(wǎng)頁版LEfSe的使用方法：用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌[http://www.itdecent.cn/p/35e3f725c554]。今天學(xué)習(xí)命令行版的L...
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請問一下大大，理化因子數(shù)據(jù)是送測序的時(shí)候公司給的嗎？我是自己下載網(wǎng)上的數(shù)據(jù)分析的，只有16s原始測序數(shù)據(jù)，其他什么都沒有
微生物多樣性qiime2分析流程(9) 數(shù)據(jù)可視化分析(中）之繪制相關(guān)性熱圖
前面介紹了微生物多樣性如何整合數(shù)據(jù)并進(jìn)行了基礎(chǔ)可視化分析，現(xiàn)在讓我們開始進(jìn)行更加深入的相關(guān)性分析和差異分析（相關(guān)性熱圖，RDA，CCA，Lefse） 1. 相關(guān)性熱圖 一般我...
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“otu_taxa.table.xls 中包含OTU豐度信息及注釋信息”。
可是大大你之前的代碼沒有整理出來otu_taxa.table.xls，分析到這我卡住了微生物多樣性qiime2分析流程(8) phyloseq整合已有OTU數(shù)據(jù)進(jìn)行分析
前面一系列文章介紹了如何通過qiime2處理原始數(shù)據(jù)，進(jìn)行聚類注釋及可視化分析，但是現(xiàn)實(shí)中小伙伴們已經(jīng)得到了處理好的OTU表及注釋文件，那怎么基于此來進(jìn)行后續(xù)分析呢？由于qi...
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大大，沒有g(shù)gtest這個(gè)包啊，我上bioconductor官網(wǎng)也沒找到，r里面用bioc安裝也沒有
一行代碼繪制物種組成圖
為什么要寫這篇文檔，昨天在教一個(gè)朋友做數(shù)據(jù)可視化發(fā)現(xiàn)即使是16s分析中一個(gè)簡單的物種組成圖對(duì)新手來說也是挺難的，數(shù)據(jù)的導(dǎo)入，過濾，格式轉(zhuǎn)換等；這一番操作是實(shí)在是繁瑣，曾經(jīng)有大...
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大大你好，我想請問一下qiime1得到的注釋文件怎么轉(zhuǎn)換成taxonomy.qza文件呢？兩者是同樣的東西嗎？因?yàn)槲疫€在參考你的其他教程，其他教程里需要用到的是taxonomy.qza文件。
微生物多樣性qiime2分析流程(7) 運(yùn)用blast比對(duì)方法對(duì)16s數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋
前面介紹了如何使用qiime2訓(xùn)練特征分類器對(duì)16s數(shù)據(jù)進(jìn)行分類注釋，但是由于其占用內(nèi)存較高，個(gè)人電腦難以運(yùn)行，現(xiàn)在介紹如何利用blast比對(duì)的方法進(jìn)行數(shù)據(jù)注釋。參考：htt...
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大大你好，我想請問一下注釋結(jié)果大概跑了多久呢？你是多少個(gè)樣本呢？
Qiime2 (七)-物種組成分析
1. 下載 / 訓(xùn)練 物種注釋分類器 或者 2.物種注釋 gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza:物種注釋分類器taxonomy.qza: ...
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bismark甲基化測序數(shù)據(jù)（WGBS、RRBS）處理流程傻瓜教學(xué)-bismark前期準(zhǔn)備對(duì)自己這段時(shí)間魔鬼式修行l(wèi)inux的總結(jié)因?yàn)樽约菏切“?，所以寫了小白也能看懂的傻瓜教程（第一次寫教程，有錯(cuò)還請大佬們指出） 1、數(shù)據(jù)下載 bismark要求fastq的數(shù)據(jù)格...
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安裝Aspera Connect工具下載sra數(shù)據(jù)
比較悲催的是現(xiàn)在下不了，查了很多沒有找到解決辦法 加上一個(gè)端口參數(shù) -P 33001，貌似可以下載了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一、下載安裝Aspera Conn...
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使用RTCGA等包獲取TCGA數(shù)據(jù)
參考來源：生信技能樹 友情鏈接： 課程分享生信技能樹全球公益巡講（https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g）B站公益...
