檢查一下vcf文件是不是對(duì)的，然后看看你的命令@15bbf6432e00
群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID。先看一下最開始生成的VCF文...
發(fā)簡信
IP屬地：密蘇里州
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@Yanglab_xuan 對(duì) 平均值就行
群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——群體間分歧度檢驗(yàn)（Fst）
基本概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為兩...
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您需要哪一個(gè)文件？@Journey_34ee
群體結(jié)構(gòu)——PCA分析
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)。 在統(tǒng)計(jì)...
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@會(huì)發(fā)光的欣欣子 換一臺(tái)電腦？我沒遇到過這個(gè)問題誒。。。。
單體型網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建——Haplotype Network
基本概念 單體型：又稱單倍體型或單元型，是個(gè)體組織中，完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因。擁有特定SNP的個(gè)體常常在附近某一特定變異位點(diǎn)擁有特定等位基因，這種關(guān)系叫做...
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就是個(gè)人習(xí)慣，可以不加滴~
群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析
親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID。先看一下最開始生成的VCF文...
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您過濾前有多少個(gè)snp？
群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析
親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID。先看一下最開始生成的VCF文...
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2022美國簽證的心酸路
我的經(jīng)歷非?？部?，寫一寫供大家參考： 當(dāng)時(shí)的個(gè)人背景： 教育背景：農(nóng)大在讀三年級(jí)博士，本科和研究生都是在這所學(xué)校；專業(yè)方向：預(yù)防醫(yī)學(xué)；簽證項(xiàng)目：交流學(xué)者（J1簽證）資金來源：...
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在后面有描述的呀，其實(shí)就是樣本的分組信息。
群體結(jié)構(gòu)——PCA分析
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)。 在統(tǒng)計(jì)...
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要看你的目的，如果是看差異其實(shí)我建議不過濾，保留最大差異。
群體結(jié)構(gòu)——系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
最近雜事真的非常的滿，終于找到時(shí)間更新一下。。。。 通過上一篇文章的介紹，系統(tǒng)發(fā)育樹的基本概念[http://www.itdecent.cn/p/4c5a4bf84e57]...
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@Jan_d2fa 沒有該過欸，報(bào)錯(cuò)原因應(yīng)該是Pophelper的版本問題，不能用最新版的，建議使用V2.29。
群體結(jié)構(gòu)——Structure堆疊圖詳細(xì)畫法
基本概念 基迪奧有篇文章寫得非常的簡單明了，我這里就不再贅述，大家移步去搞清楚基本知識(shí)。 群體結(jié)構(gòu)圖形——structure堆疊圖[https://www.genedenov...
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這個(gè)沒有研究過欸，要查一查
群體結(jié)構(gòu)——Structure堆疊圖詳細(xì)畫法
基本概念 基迪奧有篇文章寫得非常的簡單明了，我這里就不再贅述，大家移步去搞清楚基本知識(shí)。 群體結(jié)構(gòu)圖形——structure堆疊圖[https://www.genedenov...
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群體進(jìn)化選擇消除分析要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心。 中性進(jìn)化假說： 分子水平上，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過遺傳漂變引...
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@e5a867a4f72e fpkm
轉(zhuǎn)錄組趨勢分析
基本概念 表達(dá)趨勢分析（Series Test of Cluster）：將變化特征模式相似的基因歸類到一種變化趨勢中，從而找到實(shí)驗(yàn)變化過程中最具有代表性的基因集以及對(duì)應(yīng)的趨勢...
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Dfoil - 推斷祖先基因流-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也稱基因遷移） 是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非...
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@Kissdog丶痕跡 您好，最近都沒看消息 不好意思，現(xiàn)還有問題嗎？
群體結(jié)構(gòu)——PCA分析
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)。 在統(tǒng)計(jì)...
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@wow咪來哆 沒問題的，這個(gè)腳本只是把第一列和第二列合并。
群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析
親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID。先看一下最開始生成的VCF文...
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是不是版本沖突啊？換一臺(tái)電腦試試？
單體型網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建——Haplotype Network
基本概念 單體型：又稱單倍體型或單元型，是個(gè)體組織中，完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因。擁有特定SNP的個(gè)體常常在附近某一特定變異位點(diǎn)擁有特定等位基因，這種關(guān)系叫做...