做實(shí)驗(yàn)的朋友們對這個問題應(yīng)該是很感興趣的，因?yàn)樯婕暗胶罄m(xù)能不能實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻(xiàn)，查網(wǎng)站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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答讀者問(8)：如何批量查詢marker基因(對應(yīng)的蛋白)會不會在膜上表達(dá)？ -
免疫組庫數(shù)據(jù)分析||immunarch教程：快速開始immunarch是一個R包，旨在成為分析T細(xì)胞受體(TCR)和B細(xì)胞受體(BCR)的工具箱，主要針對醫(yī)學(xué)科學(xué)家和生物信息學(xué)家。immunarch的任務(wù)是盡可能輕松的進(jìn)行免疫...
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空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢作者：ahworld鏈接：空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.5富集分析--ORF過表達(dá)1、基礎(chǔ)知識 （1）基本概念 富集分析(enrichment analysis)簡單來說就是將成百上千個基因、蛋白或者其他分子分到不同的類中，以減少分析的復(fù)雜度。比如之前差異...
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單細(xì)胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細(xì)胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析在進(jìn)行完細(xì)胞自聚類或者細(xì)胞類型注釋后，一般需要對查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細(xì)胞群的相關(guān)性，進(jìn)行后續(xù)分析。當(dāng)然Seurat和scanpy本身可...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）聚類算法之leidenhello，大家好，今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden，其實(shí)大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會觀察到，其中有一個參數(shù)algorit...
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cellranger參考數(shù)據(jù)庫gtf過濾（過濾gene_biotype）
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html[h...
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monocle2 使用筆記1. 文獻(xiàn)怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者處理2種細(xì)胞使用的策略還不一樣！ 中性粒細(xì)胞 neutrophil 是先subset出來，去除污染細(xì)胞，然后Seu...
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HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
