在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識(shí)點(diǎn)：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
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ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析) -
基因表達(dá)趨勢分析-2：Mfuzz基因表達(dá)趨勢分析-1：TCseq[http://www.itdecent.cn/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識(shí)別表達(dá)譜的潛在時(shí)間序列模式，并將相似模式的基...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對這個(gè)過程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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featureCounts統(tǒng)計(jì)counts后的cpm和tpm計(jì)算
該腳本適用于featureCounts數(shù)counts后的cpm和tpm計(jì)算 setwd("~/Desktop")#設(shè)置工作目錄 countdata<-read.table("...
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200904 Circ之旅4.1-Circexplorer2
Circexplorer2 參考文檔： CIRCexplorer2手冊 tophat的安裝與使用 這個(gè)主要記錄一下使用Circexplorer2的流程 目前已經(jīng)通過之前的步驟...
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會(huì)了GEO數(shù)據(jù)下載，來看看怎么上傳吧劉小澤寫于2020.8.12 1 注冊NCBI GEO賬號(hào) 先注冊NCBI賬號(hào)，在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 然后注冊GEO賬號(hào)，在：htt...
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ATAC-Seq 數(shù)據(jù)分析（上）背景： 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個(gè)線性DNA分子組成。細(xì)胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝，否則就是一團(tuán)亂麻，不利于DNA復(fù)制和表達(dá)調(diào)控。這種有序的狀態(tài)...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關(guān)系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異peaks富集的工具 ATAC-...
