基本概念 代謝物：所有分子量小于1500Da的小分子物質(zhì)，包括糖類、核苷、有機(jī)酸、酮類化合物、多肽、氨基酸、有機(jī)胺類、醛類化合物、脂質(zhì)、萜類、類固醇、生物堿、小分子藥物等等。...
IP屬地：廣東
-
【代謝組學(xué)】1.代謝組學(xué)簡(jiǎn)介
-
5. 基于OTUs的alpha多樣性指數(shù)計(jì)算和可視化簡(jiǎn)介 1. 物種豐富度指數(shù)(Species richness)：群落中豐度大于0的物種數(shù)之和，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物種...
-
免疫學(xué)相關(guān)多樣性指數(shù)
1. Chao1多樣性指數(shù)[http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1074963.html] chao1是度量物種豐富度的指標(biāo)，它和豐...
-
多樣性指數(shù)：辛普森指數(shù)和香農(nóng)-維納指數(shù)【導(dǎo)讀】多樣性指數(shù)是一種量化指標(biāo)，可反映數(shù)據(jù)集中有多少種不同類型，并且可以同時(shí)考慮到這些種類的個(gè)體分布之間的系統(tǒng)性關(guān)系，例如豐富性，差異性或均勻性。常用的多樣性指數(shù)有辛普森多...
-
三代組裝之flye
方案1: 不糾錯(cuò)直接組裝。輸入數(shù)據(jù)分為兩種情況，一種是用所有的原始數(shù)據(jù)（包括長(zhǎng)度過濾2K/5K以下），一種則是選擇最長(zhǎng)的30X, 40X作為輸入。 miniasm: http...
-
linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令
linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令 在使用linux時(shí)，經(jīng)常需要進(jìn)行文件查找。其中查找的命令主要有find和grep。兩個(gè)命令是有區(qū)的。 區(qū)別：(1...
-
kmer分析的幾款軟件介紹1.jellyfish 運(yùn)行jellyfish 2.使用 GCE 進(jìn)行基因組大小評(píng)估 GCE 軟件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 兩支程序。前者用于進(jìn)...
-
基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋同源預(yù)測(cè)(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對(duì)，找到同源序列。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號(hào)如剪切信號(hào)、基因起始和終止密碼子對(duì)基因結(jié)...
-
4、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對(duì)及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對(duì)，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對(duì)采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...
