這是ggplot2可視化專題的第一個實例操作 ggplot2的基本思路見前文總論：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體策略...
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測序結(jié)果概覽：基因表達(dá)量rank瀑布圖，高密度表達(dá)相關(guān)性散點圖，注釋特定基因及errorbar的表達(dá)相關(guān)性散點圖繪制 -
windows上Rstudio用不同conda環(huán)境的R
我終于在自己win10電腦上裝上了rstudio(1年多過去了)，然后想用conda給不同項目分別建立環(huán)境。我下載了anaconda安裝后建立多個環(huán)境且設(shè)置了R版本，再打...
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[數(shù)據(jù)庫]CMAP干擾轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫cmap(Connective Map)數(shù)據(jù)庫簡單來說就干了一件事：對經(jīng)過不同類型試劑(小分子化合物為主)處理的細(xì)胞系進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組層面的測序，分析這些試劑所造成的相對于正常細(xì)胞...
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基因型數(shù)據(jù)與1000G merge后做PCA看人群分布
寫在前面，對于生信新手來說，不熟悉代碼的基礎(chǔ)，總是空中樓閣一般，想搜一條代碼、做一些適合自己數(shù)據(jù)的運(yùn)算更是難上加難，踩過的坑總要填，為了新手們不要像我一樣浪費(fèi)時間在這苦惱的代...
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2021-04-29 TCGA與GTEX數(shù)據(jù)下載數(shù)據(jù)庫背景介紹 TCGA，全稱：The cancer genome altas官網(wǎng)：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
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使用R包ggcorrplot可視化相關(guān)矩陣在R中可視化相關(guān)矩陣(correlation matrix)的最簡單方法是使用corrplot包。另一種方法是在ggally包中使用函數(shù)ggcorr()。 但是，ggally...
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多組學(xué)分析及可視化R包最近打算開始寫一個多組學(xué)（包括宏基因組/16S/轉(zhuǎn)錄組/蛋白組/代謝組）關(guān)聯(lián)分析的R包，避免重復(fù)造輪子，在開始之前隨便在網(wǎng)上調(diào)研了下目前已有的R包工具，部分羅列如下： 1. ...
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跑通GWAS，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
