在從零開(kāi)始學(xué)Circos繪制圈圖（一）我們已經(jīng)繪制出一個(gè)比較丑的circos圖，這一部分是講解一些細(xì)節(jié)。 這一部分會(huì)從上一步的兩個(gè)文件開(kāi)始，分別是 karyotype.tai...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
-
從零開(kāi)始學(xué)CIRCOS繪制圈圖(二) -
群體遺傳學(xué)習(xí)筆記-基礎(chǔ)知識(shí)
群體遺傳學(xué)介紹 傳統(tǒng)群體遺傳學(xué)是基于觀察到的等位基因頻率與預(yù)期頻率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能會(huì)看到有性繁殖的二倍體個(gè)體群體，而且這些種群沒(méi)有重疊...
-
群體遺傳學(xué)-選擇清除分析一、中性學(xué)說(shuō) 分子水平上，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過(guò)遺傳漂變引起的，從而形成分子水平上的進(jìn)化性變化或種內(nèi)變異。分子演化的...
-
關(guān)于Tajima's D和Watterson estimator序言 在前幾篇的文章中，我們講到了一個(gè)用來(lái)檢測(cè)受到選擇后表現(xiàn)異常的loci （outlier）的系數(shù)Tajima's D，但是當(dāng)講到它的計(jì)算公式時(shí)，發(fā)現(xiàn)其中涉及到了比較復(fù)雜的...
-
R包發(fā)布在CRAN上我最近開(kāi)發(fā)的一個(gè)R包被CRAN接收了，發(fā)布在：https://cran.rstudio.com/web/packages/chromseq/index.html 主要參考的文...
-
TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
-
測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫(xiě)于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類(lèi)，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
