1 了解 conda，anaconda，miniconda，bioconda 1.1 conda conda是一個(gè)軟件模塊管理工具，也是一個(gè)可執(zhí)行命令，其核心功能是包管理與環(huán)...
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利用 bioconda 管理生物信息軟件 -
生信log31|讓Python代碼高效（消除循環(huán)）的方法總結(jié)
最近在DataCamp上進(jìn)修，對(duì)提高python腳本的效率有了更深的理解，并且也學(xué)會(huì)了很多方法。作為一個(gè)非科班已進(jìn)門的小白，我最頭疼的事莫過于取復(fù)雜結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的時(shí)候要寫多層嵌套...
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進(jìn)階 | 本地「Docker」鏡像轉(zhuǎn)換為「Singularity」鏡像，直接運(yùn)行于任何服務(wù)器~寫在前面 近期，組織了第三期暑期培訓(xùn)，想想也有四個(gè)年頭。另外，分別給本科生和碩士生均分別講過一學(xué)期的生物信息數(shù)據(jù)分析課程，其中實(shí)踐部分，以往使用的是 VituralBox。好...
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生物信息流程搭建方法先來看一則招聘信息： 關(guān)于生物信息流程，不同的分類標(biāo)準(zhǔn)可能得到不一樣的分類結(jié)果，比如：A review of bioinformatic pipeline framework...
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fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具。之前處理fq/fa文件時(shí)花時(shí)間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實(shí)在是提升效率，整合流程...
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生信log19|原核基因組分析part2-本地個(gè)性化分析（序列建庫部分真核也適用）??這篇寫得太久了，還有很多不滿意的地方，決定先放出來再慢慢完善。剛來實(shí)驗(yàn)室的那會(huì)兒，經(jīng)常聽到實(shí)驗(yàn)室的師兄說建庫，pfam,antismash諸如此類的名詞，我聽得一頭霧水，處...
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一天內(nèi)快速構(gòu)建個(gè)人知識(shí)庫網(wǎng)站當(dāng)下各種前端軟件盛行，快速構(gòu)建自己的可交互的網(wǎng)站學(xué)習(xí)周期很長，難度不小。 本文將介紹如何使用現(xiàn)有的優(yōu)秀 Python 工具，在一天之內(nèi)搭建一個(gè)屬于自己的可交互的網(wǎng)站。 可以看...
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CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進(jìn)化樹+啟動(dòng)子圖的單獨(dú)或組合圖1. 軟件簡介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語言的matplotlib庫和PySide2庫進(jìn)行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件，主要用于生物信...
