Pytorch是目前最火的深度學(xué)習(xí)框架之一，另一個是TensorFlow。不過我之前一直用到是CPU版本，幾個月前買了一臺3070Ti的筆記本（是的，我在40系顯卡出來的時候...
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配置pytorch(gpu)分析環(huán)境 -
深入解析 multipart/form-data
一個 HTML 表單中的 enctype 有三種類型 application/x-www-urlencoded multipart/form-data text-plain ...
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使用GPT讓你的RStudio如虎添翼
API的的調(diào)用目前來說不限制地區(qū)，但是OpenAI的API的申請限制了地區(qū)。運行的時候，如果出現(xiàn)了429，意味著你被限流了，需要等一會才行。 前提是，你需要注冊一個OpenA...
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MacOS下安裝velocyto.R擬時序分析是單細胞測序高級分析之一，其中引用量最多的一是Monocle，其次就是velocyto。velocyto分為python版本和R版本，python版本用于分析得到上...
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什么年代了，還在用傳統(tǒng)的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的輔助組裝，它的最大優(yōu)勢就是輸出結(jié)果可以對接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)進行手動矯正。然...
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Ubuntu16.04安裝R包magick出現(xiàn)的問題
太長不看版 magick的安裝需要底層的imagemagick支持 Ubuntu16.04由于版本老舊，安裝的舊版imagemagick無法使用 使用spack自己安裝新版，...
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在腳本里面調(diào)用conda創(chuàng)建的環(huán)境
事情源于，我在寫腳本的時候，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報錯提示 conda認為我沒有初始化環(huán)境，我腳本是在bash環(huán)境下運行...
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R如何正確動態(tài)創(chuàng)建變量名,解決target of assignment expands to non-language object在一個群里，看到一位朋友發(fā)了一堆代碼， 以及一個報錯信息，Error in paste(.....) ：could not find function "paste←" （還...
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從一則12年前的提問中學(xué)習(xí):從配對序列聯(lián)配到多序列聯(lián)配
最近學(xué)習(xí)多基因組比對時，看到一則12年前在Biostars發(fā)布的提問, Programming Challange: Pairwise Alignments To Multi...
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使用jcvi繪制微共線性(Microsynteny)這篇文章更多是記錄性質(zhì)的，因為沒有詳細說明如何從WGDI, MCScan, MCscanX中獲取基因?qū)?，也沒介紹如何整理出記錄基因坐標的bed文件，因此如果閱讀此文的您看不懂...
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計算分子進化-搞懂PAML的正選擇分析許多基因組的文章里都會提到使用PAML進行基因的正選擇分析(positive selection), 網(wǎng)上也有一些教程介紹如何用PAML進行分析。無論是文章，還是教程，大多只...
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intel版本 Bioconductor有預(yù)編譯的rhtslib, 不需要自己編譯呀
MacOS的ARM64的R如何解決編譯問題
先參考https://mac.r-project.org/tools/[https://mac.r-project.org/tools/] 安裝好XCode和gfortran...
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MacOS的ARM64的R如何解決編譯問題
先參考https://mac.r-project.org/tools/[https://mac.r-project.org/tools/] 安裝好XCode和gfortran...
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我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息，那個時候，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記。 我有一個自己的博客，xu...
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自己創(chuàng)建CDF包 hursta2a520709cdf
調(diào)用函數(shù)時，遇到hursta2a520709cdf not available 也就是找不到的情況 目前網(wǎng)絡(luò)上找到資料都不夠全面，詳盡，正確的處理方法如下 第一步，安裝R包m...
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Rust第二課:為什么我的Rust比Python慢！
在我的Rust第一課[https://xuzhougeng.top/archives/my-first-rust-class], 我寫了一個程序?qū)asta中的ATCG進行計...
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我的Rust編程第一課
在2020年5月17日，HengLi在它的一篇博客「Fast high-level programming languages」提到，他一直在尋找一門編程語言，生物學(xué)家容易使...
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使用jcvi基于wgdi的共線性結(jié)果(-icl)繪制點圖
在如何用WGDI進行共線性分析(上)[http://www.itdecent.cn/p/a50548e81ac0], 我們基于blastp的結(jié)果繪制了點圖，之后用 -icl...
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如何在IGV上使用BLAT搜索非模式物種(續(xù))
在如何在IGV上使用BLAT搜索非模式物種[http://www.itdecent.cn/p/e5aceeb98a98]中，我們討論如何用Apache的CGI服務(wù)器，來響應(yīng)...