1. 環(huán)境配置 2. 數(shù)據(jù)下載 (1)prefetch下載 首先找到要下載的數(shù)據(jù)（SRR...號）創(chuàng)建project文件夾 利用chipseq環(huán)境中prefetch 軟件進行...
發(fā)簡信
IP屬地：臺灣
-
-
WGS,WES,RNA-Seq與ChIP-seq之間的異同轉(zhuǎn)自：https://www.plob.org/article/10918.html 1 基礎(chǔ)概念 平均測序深度： 指定區(qū)域內(nèi)得到的所有堿基數(shù)目與該區(qū)域的長度的比值，如果是全...
-
「RNA-seq分析軟件」RNA-seq比對工具STAR學(xué)習(xí)筆記STAR 軟件安裝 軟件的GitHub地址為https://github.com/alexdobin/STAR, 下載頁面為https://github.com/alexdo...
-
cuffdiff 產(chǎn)出文件說明（cuffdiff工具說明書）這個文章詳細說明了 cuffdiff 操作過程中各命令意義以及產(chǎn)出的文件代表什么意思，哪些是用于下一步做可視化分析和go富集分析,kegg富集分析等(ps:markdown寫...
-
GEO數(shù)據(jù)分析之必備基礎(chǔ)知識
GEO數(shù)據(jù)分析之必備基礎(chǔ)知識 本節(jié)主要介紹GEO分析開始之前的準備工作和推薦學(xué)習(xí)以下非常優(yōu)秀的推文，學(xué)習(xí)之后GEO分析就春暖花開了： 生信技能樹GEO數(shù)據(jù)挖掘相關(guān)的課程 解讀...
-
討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細節(jié)，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細節(jié)，只會讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細節(jié)就被我們刻...
-
差異表達基因分析：差異倍數(shù)(fold change), 差異的顯著性(P-value)Differential gene expression analysis：差異表達基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差異表達...
-
Linux下tar.gz文件的解壓編譯安裝
經(jīng)常會看到在Linux下許多工具庫、軟件，下載的時候都是以tar.gz為后綴結(jié)尾的。這種文件一般都是打包了源代碼的文件，因此需要我們自己手動解壓縮、編譯之后再安裝，最后才能夠...
-
轉(zhuǎn)錄組PCR去重原始數(shù)據(jù)查看： grep '^@' ctr.R1.fq | sort |uniq|wc -l27787625 也就是乘以四后的行數(shù)，即fq的name不會重 比對： index...
