IP屬地：甘肅
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計算兩圖層相交面積
計算兩圖層相交面積 1.轉(zhuǎn)換要素為面，.shp，只有面圖層能相交 2.相交求面積 3.得到面圖層，右鍵屬性，查看各塊面積和所在保護區(qū)
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SNP數(shù)據(jù)的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 將 VCF 轉(zhuǎn)換為 arp 格式，定義population PGDspider軟件 2 導(dǎo)入Alrequin 并定義gr...
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Stairway-plot群體動態(tài)圖
一 首先用BayesScan刪除受選擇的位點1.輸入文件：PGDSpider將VCF 轉(zhuǎn)為GESTE/BayScan格式，即下面的bates....
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Fst
vcftools計算Fst VCFTOOLS官網(wǎng)[http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html...
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雜合度
1 使用plink挑選個體 注意bsz.txt是要提取的樣本名，為兩列。
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遺傳多樣性參數(shù)計算
1 使用vcftool計算pi值 輸入文件：SNP_qc0818.vcf,未LD過濾，若文件較大則過濾更好工作路徑：/home2/yl/abi/...
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snp數(shù)據(jù)PCA分析1.質(zhì)控和LD過濾 1.1 質(zhì)控:刪除信息缺失嚴(yán)重的個體和位點 plink2 --vcf zy_bsz-bi.vcf --mind 0.10 -...
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PSMC分析有效群體大小（Ne）
1 軟件準(zhǔn)備 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 二倍體物種（該分析是結(jié)合雜合度來分析的）??！ Re...