IP屬地：不列顛哥倫比亞
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python版的singler單細(xì)胞注釋工具網(wǎng)上可以搜到大量的R語言singleR的代碼和教程，但python版的就比較少啦，恭喜你找到了我。 1.文件讀取 輸入的數(shù)據(jù)是10X標(biāo)準(zhǔn)的三個文件 用read_10x_mtx...
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R代碼合并新版TCGA數(shù)據(jù)庫RNAseq表達(dá)譜數(shù)據(jù)小編發(fā)現(xiàn)我們經(jīng)常使用的TCGA數(shù)據(jù)庫，大概在2022年4月初進(jìn)行了更新。以前RNAseq數(shù)據(jù)使用的是Htseq-counts，新版本中使用了STAR-counts。在上一期中...
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centos7下CNVnator 安裝和使用
CNVnator服務(wù)器：centos7 CNVnator 安裝過程GitHub - abyzovlab/CNVnator: a tool for CNV discovery ...
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copynumber
copynumber 是一個功能強(qiáng)大拷貝數(shù)分析工具，這里僅限于自己用的的部分功能，看到可用hg38版本，就嘗試運(yùn)行了一下，識別CNV break points。
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數(shù)據(jù)挖掘班開年寄語大家好，我是生信技能樹線下培訓(xùn)和線上直播課團(tuán)隊的全職講師，就是在公眾號發(fā)布過的學(xué)徒作業(yè)、學(xué)員反饋和感言里常被cue到的小潔老師本師。 剛剛過去的2020年，沒什么記憶，除了長...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了。那么以后想做G...
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學(xué)生信的那點事之一 - 為什么學(xué)生信
我是誰 幾年前曾在中科院上海生命科學(xué)研究院生化細(xì)胞所讀研，兩年半后申請了退學(xué)，要說為什么，我只能羞愧地說：因為無知。 幾經(jīng)輾轉(zhuǎn)，最后到諾禾海外部做了一名銷售，光陰似箭，快兩年...
