從事生物信息分析已經(jīng)有10多年了，從大數(shù)據(jù)和系統(tǒng)生物學(xué)視角，先后研究了神經(jīng)系統(tǒng)疾病，感染系統(tǒng)疾病和如今的腫瘤疾病。當(dāng)年，二代測序技術(shù)剛剛興起的時候，測個序就可以發(fā)文章，做生信...
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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生信分析未來如何發(fā)展？
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解決Docker以默認root用戶運行生成的文件權(quán)限為root的問題
只需以宿主機的普通用戶運行即可。 docker run --user $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) -v /etc/passwd:/et...
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Shiny docker + reticulate + miniconda 安裝配置
項目需求是用shiny實現(xiàn)UI界面，后臺通過R包reticualte來調(diào)用miniconda python來實現(xiàn)后臺邏輯。 在本地R studio一切都很順利，然而到了rem...
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HMGB1
HMGB1基因是HMGB基因家族中的一個，有三種不同的結(jié)構(gòu)形式：Structure in reduced state，Structure in oxidized state，...
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Seurat對象操作
假設(shè)a是Seurat對象，那么 methods(class=class(a)) 用來獲得a所屬類的方法。 Attributes(a) 用來獲得a所有的屬性。
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TensorFlow編程思想（僅供入門參考）
學(xué)習(xí)TensorFlow確實是因為工作需要，是為了分析單細胞測序的數(shù)據(jù)。 TensorFlow（以下簡稱為tf）是一個AI的編程框架，有自己的設(shè)計理念，必須理解這個理念才能靈...
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Garnett包安裝失敗解決
Garnett包用于注釋單細胞數(shù)據(jù)所屬細胞類型。 在按照官方步驟安裝時候，出現(xiàn)下列錯誤： ** byte-compile and prepare package for la...
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plotly助力生物大數(shù)據(jù)交互式分析
疫情形勢依然嚴峻，武漢加油，中國加油！ 宅在家里，思考不能停，學(xué)習(xí)必須持續(xù)。 AI技術(shù)已經(jīng)顯示出超凡的大數(shù)據(jù)處理能力，進一步結(jié)合與人的交互，將更具應(yīng)用價值。 顯然，人-機交互...
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R包dplyr和tidyr用于數(shù)據(jù)清理
dplyr包操作： 1.篩選: filter() 2.排列：arrange() 3.選擇：select() 4.變形：mutate() 5.匯總：summarise() 6....
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dnorm,pnorm,qnorm,rnorm的區(qū)別
R中有四個與正態(tài)分布有關(guān)的函數(shù)，dnorm,pnorm,qnorm和rnorm，其中， dnorm為概率密度函數(shù)，返回給定x下的概率值。dnorm(z)等價于f(x=z) p...
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Python itertools模塊
該模塊提供了很多高效循環(huán)的函數(shù)， 如islice() https://docs.python.org/2/library/itertools.html
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Debian添加用戶到sudoers
1. 安裝sudo命令：aptitude install sudo 2. chmod u+w /etc/sudoers 3. vim /etc/sudoers 添加：use...
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Debian Linux下R CRAN和Bioconductor國內(nèi)鏡像設(shè)置
vim ~/.Rprofile 寫入 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...
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蛋白中的Short Linear Motif(SLiMs)
SLiMs是蛋白中的長度小于10個氨基酸的短肽，在蛋白質(zhì)相互作用中發(fā)揮重要作用，其進化上保守模式和與其相互作用蛋白功能高度相關(guān)，也發(fā)現(xiàn)他們在無固定三維結(jié)構(gòu)蛋白中高度保守。 原...
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Debian9 Dash to Dock 安裝
Genome桌面美化可以通過Tweak tool來設(shè)置 Debian中的側(cè)邊欄的設(shè)置可以通過安裝 Dash to Dock來實現(xiàn)。 Dash to Dock 是Genome ...
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R源碼安裝
操作系統(tǒng)環(huán)境：Debian9(stretch) 這次安裝R，系統(tǒng)缺的庫比較多。 安裝之前，可以先安裝以下圖片庫 aptitude install libpng-dev apt...
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