scDIOR 是一個(gè)用于在 R 與 Python 之間進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的工具。這個(gè)工具主要由兩個(gè)部分組成：一個(gè)是 R 的包 dior，另一個(gè)是 Python 的庫(kù) diop...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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使用scDIOR實(shí)現(xiàn)R與Python之間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換 -
全網(wǎng)首發(fā)，用于單細(xì)胞ATAC分析的Socrates包Socrates是一款用于分析snATAC數(shù)據(jù)的R語(yǔ)言包，但是該包發(fā)表后并沒(méi)有引起多大水花，最直觀的就是，Github上該包的Issues只有10條，其中兩條還是本人最近貢獻(xiàn)...
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HiCUP安裝時(shí)遇到的陳年老BUGPS：本人今年4月份就安裝了HiCUP，但由于運(yùn)行時(shí)一直有問(wèn)題，直到9月份才解決了這個(gè)bug。 HiCUP的安裝非常簡(jiǎn)單，只需要從官網(wǎng)下載安裝包，解壓后賦予執(zhí)行權(quán)限即可 官網(wǎng)...
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無(wú)痛從seurat遷移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，這里使用的seurat對(duì)象要求已經(jīng)run過(guò)runUMAMP()findCluster等函數(shù)，否則也沒(méi)有必要把seurat的結(jié)果弄到monocle3的cds對(duì)象里 1. ...
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單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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seurat對(duì)象處理Seurat是單細(xì)胞分析經(jīng)常使用的分析包。seurat對(duì)象的處理是分析的一個(gè)難點(diǎn)，這里我根據(jù)我自己的理解整理了下常用的seurat對(duì)象處理的一些操作，有不足或者錯(cuò)誤的地方希望...
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Seurat4.0系列教程4：整合分析scRNA-seq整合簡(jiǎn)介 對(duì)兩個(gè)或兩個(gè)以上單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的整合分析提出了獨(dú)特的挑戰(zhàn)。特別是，在標(biāo)準(zhǔn)工作流下，識(shí)別存在于多個(gè)數(shù)據(jù)集中的基因可能存在問(wèn)題。Seurat v4 包括...
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## lncRNA分析完全指北
Step1：鏈特異性比對(duì)并組裝轉(zhuǎn)錄本 用HISAT2對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行鏈特異性比對(duì)，隨后利用StringTie對(duì)每個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行單獨(dú)組裝 Step2：過(guò)濾lncRNA 將所有...
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featurecounts的使用說(shuō)明官網(wǎng)：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻(xiàn)參考：featureCounts: an efficient general purpos...
