在基本的生信分析中，我們有時(shí)候需要某些基因的序列，而下載的參考基因組包中，一般不會提供每個(gè)基因的序列。下面分享一個(gè)簡單的根據(jù)gff或gtf注釋文件提取目的基因序列的pytho...
IP屬地：陜西
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根據(jù)注釋文件中基因位置提取序列
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大麥轉(zhuǎn)錄因子分析轉(zhuǎn)錄因子分析的流程 一、從轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫下載大麥轉(zhuǎn)錄因子CDS序列 PlantTFDB - Plant Transcription Factor Database @ CBI...
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非模式物種GO富集數(shù)據(jù)庫準(zhǔn)備（一）當(dāng)我們需要做非模式物種的富集時(shí)，進(jìn)行查詢后也沒有對應(yīng)的數(shù)據(jù)，那么需要我們自己準(zhǔn)備。那就需要這個(gè)物種的基因組數(shù)據(jù)fasta 和gtf 文件自行構(gòu)建。這里我以斑馬魚為例。斑馬魚其...
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fastp -- 結(jié)果文件以A01樣本為例： 1_rawdata/A01_R1.fq.gz 1_rawdata/A01_R2.fq.gz 經(jīng)過cutadapt后得到tempR1 = 'A01_cut...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology，是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
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小麥三代轉(zhuǎn)錄組融合基因定量小麥三代轉(zhuǎn)錄組融合基因定量 三代轉(zhuǎn)錄組的序列普遍比較長，得到的是完整的全長的轉(zhuǎn)錄本，在后期處理過程中無需組裝，大大的降低了錯誤率。二代轉(zhuǎn)錄組測序得到的結(jié)果通常都是打斷后的序...
